ds-cDNA

更新时间:2024-03-07 12:21

ds-cDNA是基因文库技术中,通过mRNA反转录所获得的cDNA(第一链),依靠DNA聚合酶,在一定条件下所延伸的与cDNA相互补的第二条cDNA链的英文简称。

定义

ds-cDNA是基因文库技术中,通过mRNA反转录所获得的cDNA(第一链),依靠DNA聚合酶,在一定条件下所延伸的与cDNA相互补的第二条cDNA链的英文简称。

合成方法

以下合成方法涵盖了ds-cDNA的基本合成手段,具体操作中往往由于实验条件和所用试剂的不同,进行适当调整。

cDNA的合成

(1)在Ependorf管中加50pmol/L的一种α32PdNTP和1mg/ml的mRNA 10μl(10μg),100m mol/L甲基氢氧化汞1μl,室温反应l0分钟,使RNA变性。

(2)加100m mol/L的β-巯基乙醇2μl和10m mol/L RNA酶抑制剂2μl,室温放置5分钟。β-巯基乙醇有稳定逆转录酶活性的作用。

(3)向上述反应混合物加lmg/ml的引物01igo dT(12~18聚体)10μl,1mol/L Tris.HCl(pH8.3)5μl,11mol/L KCl7μl,250m mol/L MgCl22μl,再加20 m mol/L的4种dNTP各2.5μl,逆转录酶2μl(40单位),用水补充到50μl,充分混匀,42℃反应1~3小时。

(4)加0.5 EDTA(pH8.0)2μl终止反应,然后加150m mol/L NaOH 25μl,65℃反应1小时,或37℃8小时,水解mRNA模板,得到cDNA第一链,再加pH8.0,1m mol/L Tris.HCl,各25μl中和其pH。

(5)测定放射活性,计算合成的DNA量。实际上,cDNA第一链的产量往往不会超过poltAmRNA用量的10%~30%。

(6)用等体积的酚-氯仿抽提―次,取水相并用SephadexG-100离心柱层析(参看第6章)将cDNA同剩余的dNTP分开,以2.5倍体积的95%冷乙醇沉淀。

(7)合成的cDNA第―链在1.4%的碱性琼脂糖凝胶上电泳,用末端标记的pBR322限制性片段为分子量标准,电泳后,铺X-光片,进行放射自显影,确定cDNA第一链的大小。

ds-cDNA的合成

(1)第一链合成完毕后,直接进行第二链的合成。在第一链合成体系中分别加入

2.5×第二链缓冲液40μl,

DNA聚合酶Ⅰ23μ(或者T4-DNA聚合酶)

RNase H 0.8μ

加水至100μl

注:具体体系的配置,可依照实验用量和不同厂家的试剂酌情变更。

(2)14-16℃下放置2小时。(>3Kb时反应时间延长至3-4小时)

(3)70℃,10min,点动离心,置于冰浴

(4) 在样品管中加入T4DNA聚合酶2μ,37放置10分钟。

(5)加入4μl 500mM的EDTA到该样品管中,然后置于冰浴上.

(6) 等体积加入酚\u6c2f仿\u5f02戊醇抽上清,12000g,3min。

(7) 上清液转移至一干净试管,加2V乙醇,1/10V乙酸钠,-20℃30min沉淀,12000g,15min收集沉淀,70%乙醇洗沉淀,干燥,TE复溶。

也可以选择试剂盒方法,如Promega的Universal RiboClone cDNA Synthesis System,里面就包含从RNA反转录成cDNA第一链,以及合成cDNA第二链所需的试剂。

免责声明
隐私政策
用户协议
目录 22
0{{catalogNumber[index]}}. {{item.title}}
{{item.title}}