1948年8月，接受美国国务院福尔布瑞特（Fulbright）基金中美交换教授讲座的约请，去美国麻省理工学院讲学和研究。

1949年—1952年，担任清华大学物理系教授，兼北京师范大学教授。

1950年，为了拯救抗美援朝负伤战士，余瑞璜暂时停下手中的研究工作，设计制作了中国第一个永久性医用真空X光管。

1952年，根据国家要在东北建立一所新的综合性大学的需要，余瑞璜离开了居住和工作过多年的清华园，来到长春筹建东北人民大学（后改名吉林大学）物理系，担任教授。

1955年，被选为首批中国科学院数理化学部委员（院士）。

1956年，在周恩来总理领导下召开的“1956—1967年科学技术发展远景规划”会议上，余瑞璜提出了发展半导体、电子学及钛与其他轻金属的合金等3个科学项目的建议，受到了国家的重视。

1957年，在政治上遭受灾难，余瑞璜将精力完全集中到科学研究工作上去，开始进行了他一生中的第二项重大的科研项目的研究。

1978年—1981年，担任吉林大学物理系第一系主任。

1981年—1984年，担任吉林大学物理系名誉系主任。

1997年5月19日，逝世，享年91岁。

余瑞璜于1929年研制出中国第一台盖革计数器。1942年创立X射线晶体结构分析新综合法，被国际晶体学界誉为国际上第一流晶体学家。20世纪40年代研制出中国第一台抽气式X光机。1950年研制出中国第一只医用永久性真空X光管。20世纪70年代在固体与分子经验电子理论研究方面获重要成果。

1942年—1943年在英国《自然》杂志上连续发表了4篇论文，其中《结晶分析X光数据的新综合（法）》和《从X光衍射相对强度测定绝对强度》两篇文章引起了国际学术界的重视。

余瑞璜为了发展中国冶金工业的需要和培养中国自己的冶金和金属科学基础研究的专门科技人才，他亲自参加创建了中国第一个金属物理专业。在建系中，为了全面建立各个专业，他四处奔走，收集了大量物理学方面的重要学术刊物。这些从二三十年代以来的系统的学术刊物都是从事有关教学、科研工作必备的重要资料。他在教育部的支持下，亲自外出购买了大量建设实验室的基本设备和精密仪器。他还亲自抓教学，听教师试讲，有步骤、有计划地送青年教师出去进修。

余瑞璜长期担任一些社会兼职，比如吉林省人民代表大会常务委员会副主任、中国民主同盟中央参议委员会常务委员和中国民主同盟吉林省委员会副主任等职务。

余瑞璜很喜欢中国古典文学，尤其是唐诗、宋词。他也很喜爱京剧，认为京剧是唱、表演、音乐艺术的最好结合。

由于余瑞璜的杰出贡献，在《X光衍射五十年》的物理学史册中，该书的总编辑结晶学界的老前辈P.P厄瓦耳在书中赞扬余瑞璜是世界上第一流的结晶学家。（吉林大学党委宣传部评）

余瑞璜是科学界的泰斗，为国家、为民族的科学与教育事业做出重大贡献，赢得了人们的尊敬。（吉林大学物理学院评）

余瑞璜先生筚路蓝缕，呕心沥血，领导创建了吉大物理学科，凭借一颗赤诚爱国之心和执着追求科学真理的精神，经过艰苦卓绝地努力，使得吉林大学物理系很快跻身于全国大学物理系的先进行列，为中国科研事业发展和国际影响力提升做出了突出贡献。（余瑞璜先生诞辰110周年祭扫活动上吉林大学常务副校长陈岗祭文）

2005年，在中国物理学会出版的《推动人类文明与进步的物理学——纪念世界物理年系列图片》中，余瑞璜被选入中国资深的杰出物理学家之列。

2012年，在吉林大学60华诞之际，余瑞璜的半身铜像在中心校区理化楼大厅中落成揭幕，以纪念他对科学事业和创建吉大物理学科的贡献。

2016年4月3日，吉林大学在长春人文纪念园举行纪念余瑞璜先生诞辰110周年祭扫活动。余先生的学生吉林大学常务副校长陈岗博士、副校长郑伟涛博士、物理学院院长崔田博士、党委书记孟文卓、物理系历届系主任刘运祚、王克协、高锦岳等人及余先生的亲属参加了祭扫活动。

《余瑞璜：献身物理报效祖国》是在余瑞璜教授诞辰110周年和逝世20周年之际制作播出，主要介绍了余瑞璜教授在物理学领域勇攀高峰，为强盛祖国不懈奋斗的光辉的一生。