2004年3月，余秋雨参加联合国开发计划署《人类发展报告》的设计、研讨和审核；同年，出版散文集《笛声何处》，该作品讲述昆曲的兴衰过程，同时对昆曲剧目的四大代表作《清忠谱》《长生殿》《桃花扇》《牡丹亭》进行解读。

2012年10月，余秋雨出版散文集《何谓文化》，《何谓文化》从学理、生命、大地、古典四个方面阐释“何谓文化”。

2013年6月，余秋雨将之前著作《借我一生》《我等不到了》，改写为《吾家小史》，该作品讲述余秋雨和他的家族诸多不为人知的经历，描写现代中国一个普通家庭百年间的悲喜沉浮，以及余秋雨的心灵成长历程。

2014年10月，余秋雨文集《秋雨合集》二十二卷出版发行。《秋雨合集》全套书22卷，分为主体八卷：《中国文脉》《山河之书》《千年一叹》《行者无疆》《君子之道》等；学术六卷：《艺术创造学》《中国戏剧史》《观众心理学》等；译写七卷：《庄子译写》《苏轼译写》等；卷外卷：《文化苦旅》；同年，出版长篇小说《冰河》，《冰河》讲述一个在生命绝境中诞生的爱情故事。《冰河》里没有一个坏人、恶人。真正的艺术，永远不是自卫的剑戟。

2015年3月，余秋雨应邀在中国台湾从台北市、新北市、台中市到高雄市进行“环岛巡回演讲”；4月，悬疑推理小说《空岛》由作家出版社出版，该作品以全新历史纪实的手法完成这部悬疑小说，故事起源于和珅对财富的追逐

2017年6月，余秋雨散文集《泥步修行》出版，余秋雨把修行分为“破惑”“问道”“安顿”三大环节，并由此构成《泥步修行》的三个部分；8月，文集《门孔》由湖南文艺出版社出版。

2019年3月，余秋雨散文集《雨夜短文》出版，余秋雨将自己的阅历、感想、智慧浓缩在一篇篇笔调轻松的小篇幅散文里；9月，余秋雨将文集《中国文化课》在喜马拉雅FM上播出的音频课程整理成文，对中国文化的古往今来作出系统梳理。

理性回归

恢复理性精神、弘扬理性精神是新时期余秋雨思想的一个重要特点。余秋雨的系列文化散文对当代散文的超越，就是在继承传统散文“文以载道”的基础上，张扬起理性的大旗，以“为天地立心，为生民请命，为往圣继绝学，为万世开太平”的姿态直指未来，从而博得了众多读者的心理认同和回应，成为余秋雨笔下“精神道场”的基础。比如，《山居笔记》中借着“散文表述”的载体，开宗明义、旗帜鲜明地回到了文字叙述的空间；《十万进士》是体现余秋雨散文中理性精神的典型之作，在书中，余秋雨对科举制度进行了全面的分析，给予了富于创见的文化新结论。崭新的叙述和文化认同，加上余秋雨将一种学精神的融入其中，这种富于激情的理性精神就产生了一种美学上的张力。

传统汰选

余秋雨认为，民族文化的伟大精髓在于它的凝聚力，余秋雨的散文处处显示着对这种凝聚力的追询。比如，《乡关何处》一篇从古人充满宇宙意识的超验之问起笔，落脚在散文的抒情主体对故乡一人生归途的探询。那个既遥远又切近，既身在其中而又无法完全进入的“乡关”。对于中国文化的复杂性、包容性、多样性，余秋雨也给予了关注。余秋雨认为真正富有活力的文化尤其是学术文化往往是非官方性的。中国的学术文化，似乎总是在轮回中发展，富有生命力的学术文化产生于官方以外，官方先是压抑摧残，既而认识到其“实用价值”，便取来为己用，但不久便使其僵化乃至断气，只好再由其他官方的学术文化补充养分甚至取而代之，中国文化的这种运作机理给传统文人以中国式的悲剧定位，朱嘉及其学生之死便是典型的例子，但这也正给传统文人提供了内在驱动力和广阔的历史舞台，并由此建构起他们真正的文人品格。余秋雨正是通过对朱熹类型传统文人的赞扬，肯定了这一具有人类整遍意义的文化命运机理。

人格重塑

在余秋雨看来，中国传统文化人格的集中体现是传统文人的品格，而传统文化的品格是一个极其复杂的集结。在这个集结中，传统文人首先是作为知识集团所操纵的棋盘中的一粒粒棋子出现的。比如，《十万进士》令人信服地揭示出科举时代文人的既定命运，但更为重要的是造就附庸人格的并不是附庸人格的实质。科举制度的文化本质是要求士子与统治者以“道”相结合。正是因为有了这一本质, 科举制度才能除附带造就一批屈服于“正统”的平庸官僚之外，更造就了一批以“道统”自任的文化名人。可惜的是，以“道统”自任的传统文化人往往不能与统治者的“道”相结合，成为统治者的“弃子”，由“弃子”而产生了中国独特的贬官文化，这是中国传统文化品格的最常见也是最好的表现形式，传统文人的文化生命因贬官而受到了猛烈的挤压，由挤压而得到生命的激扬。在被贬的处境中，传统文人才能摆脱喧器与虚浮的生命状态，“才能有足够的时间与自然相略，与自我对话”，以探讨生命的底蕴。余秋雨的散文如《十万进士》《苏东坡突围》《西湖梦》《柳仗柯》《流放者的土地》等以理性展示了传统文人由入仕而平庸的无奈和想象，照见了官格与文格的严重背离，同时也深情歌颂了那些因遭贬而创造出丰富的精神价值的文化名人。这种对传统文化人格的观照为当代文人走出迷乱的困境、实现人格的重构提供了范例。

珍视文明

余秋雨认为，文明是克服了愚昧和野蛮之后达到的境界，是对前者的摆脱，历史发展的每个阶段都在重复上演这个过程，总体的人类大发展也是，社会主义现代化的今天，中国人还是在于愚昧和野蛮作斗争，从来没有停止过，这正体现出文明的珍贵性。余秋雨认为给岁月以文明，而不是给文明以岁月，文化需要公开、透明、传播、共享、沟通、化解，文化要发挥自己真正的作用，就要能够克服障碍，只要能够跨越障碍的文化才能够像生命一样延续下去，才能够形成文明，余秋雨散文是通过深深思考后形成的喟叹，是对文化的尊重，对文明的向往，期待和呼喊。

忧患意识

余秋雨散文透露出的对文化的反思和忧患意识，这种强烈的忧患意识是余秋雨散文的精神特质，余秋雨具有文人使命感和忧患意识，并鲜明地体现在文章当中，在面对民族文化在多元冲击时的这种时代使命感和忧患意识更为明显，对文化的反思是余秋雨文章的一大值得探讨的主题，因此，余秋雨的散文多关于历史的探寻、访古寻古，并在这个过程中对古文化深刻思考，短小精悍的文章中蕴含了文化内涵和思想力度。余秋雨在散文中强调文化的产生发展创新都需要进行反思，民族文化更是如此，只有不断反思进步的民族，才能继续生存繁衍。

结构艺术

余秋雨的文化散文善于挖掘山水景观中的历史文化，并将历史与现代相结合，以全新的视角描写景物，同时通过集中简短的手法安排人物、描写故事。如余秋雨将《莫高窟》分为四部分，第一部分采用叙述的手法通过莫高窟的地理位置以及开凿时间阐述了莫高窟的由来，第二部分以历史为主线，描写了各个时代莫高窟的特点，第三部分主要描写了莫高窟的价值，在最后作者提到虽然自己到了另一个佛教圣地，但心中仍想着莫高窟，体现了莫高窟对自己带来的震撼。

语言风格

余秋雨的文化散文多将描写、叙述以及议论等形式融汇贯通，通过旁征博引以及典雅敦厚的语言来描写景物，使读者身临其境感受历史的变迁。例如收录于《文化苦旅》一书中的《三峡》，为了体现李白的诗情与人格，他引用了余光中《寻李白》的诗句：“酒入豪肠，七分酿成了月光，剩下的三分啸成剑气，绣口一吐就半个盛唐。”短短几句便使读者看到一个豪情万丈的诗人，同时还引用郦道元的《水经注》：“两岸连山，略无阙处。重岩叠嶂，隐天蔽日，自非亭午夜分，不见曦月。”26个字便写出了三峡春冬季节的清荣峻茂，同时文中的对偶句与散文兼具，使文章充满节奏感。此外其在《苏东坡突围》中借用了苏轼的《卜算子》：“缺月挂疏桐，漏断人初静。谁见幽人独往来？缥缈孤鸿影。”通过典雅绮丽的语言展现了苏轼在被释放到黄州后生活的凄苦以及精神上的孤独。

2008年9月10日上午，上海市教育委员会举行“余秋雨大师工作室” 揭牌仪式。

2023年6月15日，余秋雨回到上海戏剧学院，与上戏党委书记谢巍围绕《新时代 新的文化使命》展开对话。

1985年2月，余秋雨成为当时全国最年轻的文科正教授。

1986年，余秋雨被任命为上海戏剧学院副院长、院长，上海市写作学会会长，上海市委咨询策划顾问，并被选为“上海十大高教精英”。

2008年10月22日，正式任命知名作家余秋雨为“全人教育奠基教授”，每年至少有5至6个月在香港浸会大学任教。

2010年，余秋雨担任澳门科技大学人文艺术学院院长。

2012年10月12日，中国艺术研究院在北京成立“秋雨书院”，余秋雨任院长。

2016年，余秋雨担任澳门科技大学人文艺术学院荣誉院长。

在中国当代散文发展史上，《文化苦旅》开“文化大散文”先河，全书凭借山水风物来寻求文化灵魂和人生真谛，探索中国文化的历史命运和中国文人的人格，启迪人们思索中华文化的走向。携着《文化苦旅》一路走来，余秋雨为中国文化界绘制了一幅生动的图画。

2016年6月，王国伟在一次接受采访时说，《文化苦旅》出版至今已经24年，仍然在畅销。《文化苦旅》依然是东方出版中心卖得最好的书。

《文化苦旅》列为学生的课外必读书。《文化苦旅》受到老师和学生的追捧，对其反复阅读已经构成学生青春记忆的一部分。后来，《文学苦旅》的不少篇章被选入各类语文教材。

1999年，中国香港凤凰卫星电视台制定了一个“千禧之旅”的计划，余秋雨作为特邀嘉宾，跟着考察队从中国香港出发，途经希腊、埃及、以色列、巴勒斯坦、伊拉克、伊朗等10个国家，跋涉4万公里，踏上了一条新的文化考察和传播之路。

美术馆的“翰墨展”第一部分所呈现的《炎帝之碑》《法门寺碑》《采石矶碑》《大圣塔碑》《金钟楼碑》，都是秋雨先生亦文亦书的作品，均已镌刻于各大古迹的重要位置，成为醒目的文化景观。

老夫少妻

1992年，余秋雨和比他小16岁的马兰结婚了，受到两家人的祝福。结婚时，马兰已经是全国闻名的大明星，而余秋雨只是在文化圈内有些小名气。马兰支持他的创作。在马兰的支持和陪伴下，终于完成他的心血之作《文化苦旅》，也因此成为知名作家。他说：“如果没有妻子马兰的支持，就没有今天的我。”

余秋雨为汶川地震灾区学校捐建了三个学生图书馆，没有经过红十字会，悄悄出资50万元，引起“诈捐”风波。由于款项没有进入中国红十字会的账目，就有人认定是“诈捐”。2009年6月8日发表声明，余秋雨捐款20万元不是修建希望小学，而是新建三所学校的图书馆。8月29日，由余秋雨捐赠3万册图书建立的都江堰市3所学校图书馆正式开馆。不过，仍有质疑者认为，余秋雨并没有拿出购书和设备的凭证。

金文明先生，指出余秋雨作品中有“硬伤”。向余秋雨提出质疑，对余秋雨文章中涉及的文史知识，集中了130多处差错进行了阐释和分析。香港柳叶先生在《信报》上发表文章说：“也怪余秋雨先生不争气，短短千字文，居然有多处破绽。”指出作品中有“硬伤”，本来对余秋雨有益，对社会有益，余秋雨非但“坚决拒绝”，反而时有攻讦之言，自然又引来各地一批学者、专家陆续发表文章，为余秋雨指正。

余秋雨先生把唐宋八大家所建立的散文尊严又一次唤醒了。或者说，他重铸唐宋八大家诗化地思索天下的灵魂。（作家白先勇 评）

他的有关文化研究蹈大方，出新裁。他无疑拓展当今文学的天空。（作家贾平凹 评）

中国散文，在朱自清和钱钟书之后，出了余秋雨。（作家余光中 评）

余秋雨先生对中国文化的贡献功不可没。他为中国了解世界，世界了解中国搭建了新的桥梁。他当之无愧是引领读者泛舟世界文明长河的引路人。（联合国中文组组长何勇 评）

余秋雨先生的散文出现以后，散文作为文学形式正在揭开历史的新篇章。（文学评论家孙绍振 评）

余秋雨可能是本世纪最后一位大师级的散文作家，同时也是开一代散文新风的第一位诗人。（文学理论家楼肇明 评）

余秋雨的散文至少有三个方面的意义：一是在散文中融入了丰富知识；二是散文强烈的文化意识；三是真正冲破了散文文体的“狭小”格局和模式，而赋予了其大气磅礴的气象。（散文评论家王兆胜 评）

余秋雨的散文充其量是一种都市里的“文化口红”,暂时麻醉读者的心灵,但不能深入剖析人生,缺乏正视社会丑陋的勇气。（批评家朱大可 评）

我对余秋雨心存一份敬意，因为他是第一个走进公众媒体视线的学者。但是，我对他更多的是不以为然。虽然我和他都是从大学里走进媒体视线的，但我和他不同，我们两个在骨子里是不一样的。（作家易中天 评）