(1)城市吸纳农村剩余劳动力面临新的困难。2000年第三季度沈阳市场劳动力市场职业供求报告显示，第一产业需求人数只占市场需求总量0.38%，而供给人数却占市场供给总量6.73%，比例相差悬殊。面对城市劳动力大量过剩的局面，城镇能为农民就业提供的机会十分有限。

(2)城乡二元劳动力市场的格局阻挠着农民跨区域流动。在传统二元经济体制下，大量的农村剩余劳动力以隐性失业的形式散布在农村，根深蒂固的城乡不平等仍阻挠着农民跨区域流动。随着城市隐性失业的显性化，政府就靠阻止农民工就业来转嫁矛盾，更有些部门借有序流动之口额外收费创收，这种限制劳动力供给的做法在全国普遍存在。

(3)农村剩余劳动力转移所需资金受到严重制约。农村劳动力转移的过程同时也是以资金为主的生产要素同步流动的过程，增加就业的前提必须对转移产业增加投资。据测算，乡镇企业每增加一个劳动力就业需投资0.8至1.2万元，集体和国有企业更高，个别行业达十几万元。按每个1万元计算，如果每年能为新增1000万城乡劳动力提供就业，则需要投资1000多亿元。目前农业产出效益比较低，城镇相当数量的工商服务行业不大景气，乡镇企业又面临新的困难。农村剩余劳动力转移巨大的资金需求难以满足。