半知菌是一群只有无性阶段或有性阶段未发现的真菌。它们当中大多属于子囊菌，有些属于担子菌，只是由于未观察到它们的有性阶段，无法确定分类地位，因此归于半知菌。事实上，一些无性阶段很发达，有性阶段已发现但不常见的子囊菌和担子菌，习惯上也归在半知菌中，故这些真菌有两个学名。它们有性阶段的学名是正式的学名，而无性阶段的学名实际上使用更广泛，通常也认为是合法的。半知菌中有许多是植物病原菌，有的是重要的工业真菌和医用真菌，有的是植物病虫害的重要生防菌。

半知菌的营养体为发达的有隔菌丝体，少数是单细胞的，菌丝体可以形成菌核、子座等结构。无性繁殖大多十分发达，主要以芽殖和断裂的方式产生分生孢子。分生孢子的个体发育有菌丝型和芽殖型两大类型。菌丝型的分生孢子又称为节孢子，是由营养菌丝细胞以断裂的方式形成的；芽殖型的分生孢子是产孢细胞的一部分经膨大生长形成的。根据分生孢子细胞壁的来源及形成方式，上述两大类型下面又可划分为若干种类型。半知菌的分生孢子着生在散生、束生的分生孢子梗上或分生孢子座上，或着生在分生孢子盘或分生孢子器内。分生孢子的形态变化很大，大致可分为7种类型。半知菌虽缺乏有性阶段，但有的可能进行准性生殖。