南部联邦管区成立于2000年5月13日。2016年7月28日，俄总统普京签署命令，将南部联邦区和克里米亚联邦区合并改组为新的南部联邦管区。

南部联邦管区总面积42.09万平方千米，占俄罗斯总面积的2.46%。人口1404.46万（2016年1月）。

现任俄罗斯总统驻南部联邦管区全权代表为弗拉基米尔·瓦西里耶维奇·乌斯季诺夫（Влади́мир Васи́льевич Усти́нов），于2008年5月14日就任。