察合台汗国于1347年分裂为东察合台汗国、西察合台汗国。

1369年，西察合台汗国合不勒汗逝世，由帖木儿将其逐渐演变为帖木儿帝国。

东察合台汗国在中国史籍以国都为名，先后称为别失八里汗国（唐朝的庭州、北庭都护府，今新疆吉木萨尔）、亦力把里汗国（即伊犁，今新疆伊宁市）。

15世纪中叶，斡思汗逝世后，长子羽努思和次子也先不花争夺汗位，东察合台汗国分裂为东西两个部分。

东部，羽努思汗于1456年，以吐鲁番及汗国北部草原为中心，建立吐鲁番汗国（即唐朝的西州、高昌，今新疆吐鲁番市）。西部，也先不花以天山南部的哈什哈尔（喀什噶尔，今喀什）等地为中心仍称东察合台汗国。公元1514年，吐鲁番汗国满速尔汗的三弟赛义德攻占也先不花系的东察合台汗国建立叶尔羌汗国（1514-1680年）。