1997年，吴岳良入选国家人事部“百千万人才工程”。

2000年，吴岳良入选中国科学院百人计划。

2006年6月，中国科学院卡弗里理论物理研究所成立，吴岳良担任所长。

2007年，吴岳良当选中国科学院院士。同年担任中国科学院理论物理研究所所长（至2012年6月）。

2010年3月，科技部973项目“暗物质暗能量的理论研究和实验预研”启动，吴岳良担任首席科学家。

2012年6月，吴岳良担任中国科学院大学常务副校长（正厅级），兼任中国科学院大学中丹学院院长。

2019年11月，当选国际欧亚科学院院士。

2020年1月，被聘任为中国科学院大学学术副校长。

吴岳良的主要研究方向包括：正反粒子－左右宇称反演对称性（CP）破坏、味对称规范理论和中微子物理、量子场论基本问题和正规化/重正化方法、量子色动力学动力学对称破缺和夸克禁闭、手征动力学有效理论和重夸克有效场论、左右对称规范理论和大统一理论、量子场论拓扑性质、引力-规范场对偶理论、宇宙暗物质暗能量模型等。

吴岳良首次论证一组手征代数关系并在量子手征圈图贡献下成立，最先表明K-介子衰变中直接CP破坏和ΔI=1/2同位旋规则可在标准模型框架内同时得到自洽的解释，其理论预言与国际上两个重要实验结果一致。首次完整地建立CP自发破缺的双黑格斯二重态模型，不仅可解释标准模型中CP破坏的起源，同时使得每个夸克和轻子都带有一个物理的CP破坏位相成为新的CP破坏源。与合作者提出重夸克有效场理论的物理基础并给出多个计算高阶修正的动力学方法。

1996年，吴岳良回国后就开始与他以前的导师周光召院士一起做大统一理论，1997年，吴岳良与周光召先生一起，在《中国科学》杂志上发表了一篇论文《对所有基本力的一种可能的大统一模型 》，这是他做引力量子理论的最早的想法。2016年在《物理评论D》上，主题为“引力量子场论”的论文。

2015年4月，吴岳良在“中外教师科技教育创新论坛”上表示：“青少年科技后备人才早期培养，应该成为我们国家科技人才培养链上非常重要的环节。”他还建议，未来在科学教育资源整合方面，要加强科学教育的实践研究，强调教师和科研人员的合作，支撑科学教育的改革和发展。同时要深化科技联合，通过高中和本科的科学教育，培养学生资源，大学、科研院所也要加强对中小学教师的支持。

2017年4月10日，吴岳良接受中国人民大学附属中学采访的时候表示：科学家开始做的时候是好奇心在推动，但是最后应用的时候是无法想象的。不管你学化学、还是生物等等，都会涉及到微观的粒子、电磁等等。日常生活中碰到的所有现象都可以追溯到电磁相互作用。理解到微观层面，对学习其他的都有帮助。

吴岳良担任理论物理所所长期间，坚持开放的原则，随着科技的发展将尽可能促进学科之间的交叉融合，鼓励求真的学风。

吴岳良的父亲年轻时一直在地质队工作，走南闯北见识广，会机械修理，后因响应国家“大下放支持新农村建设”的号召，放弃了在地质队的工作，回到农村为家乡服务。吴岳良小时候，父亲经常会带着几个孩子操作一些机器，甚至鼓捣一些小发明。由于父亲当过会计、文书、机械修理工，等等，全是靠自学，因此告诫吴岳良一定要好好学习。

吴岳良主要从事基本粒子物理和量子场论以及宇宙学的研究，研究成果对揭示物质运动的基本规律和物质的基本结构有着重要的学术意义。（《中国科学报》评）

吴岳良学成后义无反顾地回国潜心科研，在物质－反物质不对称的起源等研究领域取得重大科研成果。（《宜兴日报》评）