2000年5月，经黑龙江省人民政府批准，鸡西煤炭医学高等专科学校并入哈尔滨医科大学，成为哈尔滨医科大学分校。2003年12月，哈尔滨医科大学通过教育部七年制高等医学教育教学评估，各项评估指标均达优异成绩。2004年10月，哈尔滨医科大学大庆校区建成投入使用，其分校整体搬迁入内。

2012年11月，哈尔滨医科大学入选第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校，承担拔尖创新医学人才培养模式改革试点和五年制临床医学人才培养模式改革试点项目。次年5月，哈尔滨医科大学入选为“中西部高校基础能力建设工程”项目高校，并获批成为第一批临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。

2014年7月，中俄医科大学联盟成立，哈尔滨医科大学为联盟主席单位。次年10月，哈尔滨医科大学正式被教育部、国家卫生计生委、黑龙江省人民政府批准为共建大学。2017年，学校获批黑龙江省高水平大学建设高校。

2022年12月，黑龙江省新一轮高水平大学和优势特色学科建设名单发布，哈尔滨医科大学被列为黑龙江省国内一流大学建设高校、世界一流学科建设高校、国内一流学科建设高校及培育学科建设高校。2024年3月，学校举办喜迎百年校庆·星汉学术论坛（第十三期）暨中国医疗保健国际交流促进会创伤医学分会骨创伤医学发展论坛，针对科研人才培养、国人生物指标网络数据库构建等问题进行了系列学术探讨。

哈尔滨医科大学根据学科分类设置和人才培养需要依法设立学院，并根据发展需要适时予以调整，具有独立建制的系、部、书院和研究院（所、中心）等。截至2023年12月，学校下设18个二级院部和8个事业单位，已开设本科专业33个。本科专业设置为校本部20个、大庆校区13个。

哈尔滨医科大学是国务院学位委员会首批批准的具有博士、硕士、学士三级学位授予权的单位之一。截至2023年12月，哈尔滨医科大学共有博士后科研流动站6个，国家重点学科2个，国家重点培育学科1个，省级重点学科（群）21个，进入ESI全球排名前1%学科9个，进入ESI全球排名前1‰学科1个。截至2024年6月，学校设有博士学位授权一级学科点9个，博士学位授权二级学科63个，硕士学位授权一级学科点11个，硕士学位授权二级学科点66个，涵盖法学、理学、工学、医学、管理学和教育学六个学科门类；博士专业学位授权点2个，硕士专业学位授权点6个。

截至2023年12月，哈尔滨医科大学共有教职工18312人。其中，中国工程院院士2人，中国医学科学院学部委员2人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，教育部高等学校教学指导委员会委员19人，全国医学专业学位研究生教育指导委员会委员1人，国家级教学名师4人，入选国家级人才项目51人次，国家有突出贡献的优秀科技/中青年专家5人，教育部新世纪优秀人才入选者8人，卫生部有突出贡献中青年专家14人，享受国务院政府特殊津贴89人，“龙江学者”36人，享受黑龙江省特殊津贴30人，省级领军人才梯队带头人41人。

截至2024年5月，哈尔滨医科大学共有国家级一流本科专业建设点12个，省级一流本科专业建设点8个，国家级人才培养模式创新实验区1个，国家级实验教学示范中心4个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家级临床教学培训示范中心1个，教育部虚拟教研室试点3个，教育部“大思政课”实践教学基地2个，省现代产业学院2个，省创新创业示范基地1个。学校已开设了国家级一流本科课程28门，国家级精品课程12门，国家级精品资源共享课12门，国家级精品视频公开课4门，国家精品在线开放课程1门，国家级双语教学示范课程2门，省一流本科课程54门。学校的优秀教学团队有全国高校黄大年式教师团队3个，国家级教学团队4个，教育部创新团队2个，省级领军人才梯队33个，黑龙江省“头雁”团队6个。

2013年至2023年12月期间，哈尔滨医科大学主编教育部、卫健委规划教材及再版规划教材89部；获国家教材建设奖一等奖1项、二等奖1项，国家级教学成果二等奖6项，省级教学成果奖39项；获批教育部卓越医生教育培养计划改革试点项目3项，教育部课程思政示范项目1项，省课程思政示范项目14项，立项省级教育科研课题651项；发表国家级教育教学论文1475篇，其中SCI收录16篇。

哈尔滨医科大学是中国高等教育学会来华留学分会常务理事单位、中国高等教育国际交流协会医学教育分会副理事长和管理组组长单位及“中俄医科大学联盟”（ASRMU）中方主席单位，于1986年设立“哈尔滨医科大学外事处”（2002年更名为“哈尔滨医科大学国际交流处”），1997年获教育部批准成为第一批招收本科临床医学专业（英语授课）留学生的30所高校之一。在2012年至2019年间，学校成立国际教育学院，获批招收中国政府奖学金来华留学生，并先后通过了教育部“来华留学临床医学专业英文授课（MBBS）”专项检查、来华留学质量认证与MBBS院校专项督察。截至2022年，其已招收来自40余个国家的留学生，涵盖临床医学、基础医学、药学、公共卫生等优势学科。

截至2024年5月，哈尔滨医科大学已先后同俄罗斯、美国、澳大利亚、日本、加拿大等20多个国家和地区的200余所院校及科研机构进行了友好交流与合作。

截至2023年12月，哈尔滨医科大学设有附属医院9所。其中，直属医院5所，非直属医院4所，均为三级甲等医院，承担各专业临床见习、实习教学任务。

截至2023年12月，哈尔滨医科大学设有国际科技合作基地1个，国际合作联合实验室1个，全国重点实验室1个，教育部重点实验室5个，国家卫健委重点实验室3个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，省级重点实验室28个，省级国际科技合作平台4个。

2013年至2023年12月期间，哈尔滨医科大学获各类科研项目8464项，主持国家重点基础研究发展计划（“973”计划）1项，国家高技术发展计划（“863”计划）1项，国家国际合作项目1项，国家科技重大项目1项，国家重点研发计划项目11项；获批国家自然科学基金1340项，其中国家自然科学基金创新研究群体项目2项，国家自然科学基金重大研究计划项目11项，国家自然科学基金重点项目16项，国家重大科研仪器研制项目3项，国际（地区）合作与交流项目16项，联合基金重点支持项目18项；获各种奖励745项，其中国家科学技术进步奖二等奖2项、教育部高等学校科学研究优秀成果奖（科学研究）一等奖3项、中华医学科技奖一等奖1项、中国专利奖优秀奖1项、黑龙江省科学技术奖一等奖25项、二等奖168项；发表科学研究论文24037篇，其中SCI收录11393篇。编写出版著作824部；拥有有效专利1106件，发明专利435件。

截至2023年12月，哈尔滨医科大学图书馆有纸质图书155.71万册，电子期刊108.77万册，学位论文1369.54万册，音视频32249.58小时。该校图书馆是国家卫生健康委医药卫生科技项目查新咨询单位，设有期刊阅览室、电子阅览室、样本阅览室、古籍阅览室等，阅览座位达4577个。馆内有比较完善的现代化机检服务体系，数据库资源主要有EBSCO（ASP+BSP）、PHMC、LWW、Springer、维普期刊整合服务平台、中国知网网络版+镜像版、中国生物医学期刊引文数据库等。其还建立了文献资源保障传递系统平台，可为全校师生快捷从中科院、北京协和医学院、上海交通大学等各联盟馆获取文献资料。

截至2021年7月，哈尔滨医科大学主办的专业杂志有《中国地方病学杂志》《国际遗传学杂志》《国际免疫学杂志》《哈尔滨医科大学学报》等6种。

《中国地方病学杂志》

《中国地方病学杂志》创刊于1982年1月，是由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管，中华医学会和哈尔滨医科大学共同主办，中国疾病预防控制中心地方病控制中心承办的科技期刊。该杂志从2015年起由双月刊改为月刊，主要报道克山病、大骨节病、碘缺乏病等发生在中国对人类健康危害特别严重的地方性疾病。其已先后被中国10多种重要数据库和检索刊物以及《俄罗斯文摘》《剑桥科学文摘》等国际著名的数据库收录，曾获中华医学会优秀期刊奖、科技部精品期刊等荣誉奖项。

《国际遗传学杂志》

《国际遗传学杂志》于1978年创刊，由中华人民共和国国家卫生健康委员会主管，中华医学会、哈尔滨医科大学和黑龙江省医学科学院主办，是公开发行的国家级学术期刊。其为双月刊，以论著、综述、技术与方法等形式主要报道国内外遗传学与医学遗传学领域的研究成果与技术创新。自2008年起，该刊被中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）收录。

《国际免疫学杂志》

《国际免疫学杂志》原名《国外医学》免疫学分册，于1978年创刊，自2006年起更为现名，由中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会主管、中华医学会和哈尔滨医科大学联合主办，为中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）及美国化学文摘（CA）收录期刊。其以双月刊形式公开发行，刊录的文章以免疫相关论著与综述为主，同时增设讲座、小专论、实验方法学、国内外免疫学动态、研究简报等专栏。

《哈尔滨医科大学学报》

《哈尔滨医科大学学报》创刊于1951年1月，由黑龙江省教育厅主管、哈尔滨医科大学主办。其为双月刊，栏目有基础研究、临床研究、卫生研究等，主要刊登涉及科研、临床和边缘学科等领域的研究成果及综述性文章。该期刊曾先后获得全国优秀科技期刊二等奖、全国高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊三等奖等荣誉奖项，已被中国科学引文数据库、万方数据-数字化期刊群、中国科技期刊精品数据库等收录。

哈尔滨医科大学徽志为双圆套圆形徽标，象征团结的精神和求实的作风。该徽志中间是“哈尔滨医科大学”英文缩写HMU组成的图案，上方有“1926”字样，代表学校建校时间；外环上方是郭沫若题写的校名“哈尔滨医科大学”；下方是“蛇杖”，象征着神奇的医术和高尚的医德，“蛇杖”两侧带翅膀像一本翻开的图书，寓意对医学教育和学子寄予了美好的愿望；居中有一条指向左上方的斜线，象征学校继往开来、不断开拓向前的精神。徽志的色彩以蓝色、绿色构成，蓝色代表医学的严谨性，绿色则象征生命的健康、活力与希望，二者的融合则代表学校教育教学、科学研究、临床治疗的相互关系。

哈尔滨医科大学徽章为印有郭沫若题写的校名“哈尔滨医科大学”长方形章。

哈尔滨医科大学校训为“木直中绳、博学载医”。其中，“木直中绳”含义为各种可用的木料经木师测量加工成材，意寓学生经培养后成材；“博学载医”含义则为渊博的知识，承载博大精深的医学。

哈尔滨医科大学校歌为《托起人类健康的太阳》，由杨宝峰院士作词，王明喜、刘伟作曲。

哈尔滨医科大学学生总会是由学工部、校团委直接领导，全校学生自我教育、自我管理、自我服务的群众性组织，属于学校与学生沟通的重要桥梁，为学校管理系统的重要组成成分，曾承办了读书风采交流会、体育节等活动。

哈尔滨医科大学校大学生传媒中心始建于1996年，是由学工部、校团委直接领导的校级学生组织，也是哈尔滨医科大学唯一的校园传媒广播。该组织已相继成立纸媒，网媒，曾承办了时光邮局、主持人大赛等活动，旨在丰富医大学子精神文化生活，增强医学生职业自信力。

哈尔滨医科大学学生事务服务中心成立于2013年10月，是隶属校学生工作部、校团委的学生管理与服务机构。中心自成立以来，始终秉承“学生为本，服务为上”的宗旨，致力于为全体在校学生提供快速、便捷、周到的服务，所提供的服务包括校园周边售卖、教室借用等。

哈尔滨医科大学官方微信团队是直接受学校党委宣传部领导的校级学生组织，负责网络新闻宣传工作、校园文化建设及学校官方微信平台的运营，下设有文字组、摄影组和技术组三个部门。哈尔滨医科大学官方微信于2015年正式上线运营，截至2019年8月已推出了哈医大版《我喜欢》《青春为祖国歌唱》《急诊科没有故事》等诸多特色创意视频和图文，阅读量达到260余万。

哈尔滨医科大学团委社团管理部始建于2001年，由主席团带领，下属纪检部、人事部、策划部等7个部门。其以促进学生德智体美的全面发展为目标，引导组织学生社团开展高品位的校园文化活动，积极为各社团搭建活动平台，使每一个学生社团都能切实地为校园文化建设服务，为广大同学的学习、生活服务。

截至2021年3月，哈尔滨医科大学在籍社团36个，分为思想政治类3个、学术科技类3个、文化体育类24个、自律互助类4个、创新创业类1个以及志愿公益类1个，社团总人数4018人，每个社团至少有一名指导教师，共配有指导教师39名。其中优秀社团不少，如青年志愿者协会、ICUC英语俱乐部、武术协会等。学校社团所举办的活动为青年学生提供了一个展示自我的舞台，利于学生第二课堂的发展及综合素质的提高。

截至2024年5月，哈尔滨医科大学共有两个办学地点，分别为校本部和大庆校区。

哈尔滨医科大学校本部位于黑龙江省哈尔滨市南岗区保健路157号，是学校的法定住所地。截至2021年6月，校本部已建有主楼、体育场、体育馆、图书馆等12栋教育功能建筑和9栋公寓楼等场所。截至2023年12月，校本部共设有本科专业20个，以医学门类为主，涵盖理学、管理学、法学和工学等学科门类。该校区教职工为17809人，全日制在校学生总数为17154人。在校学生中含本科学生8110人，硕士研究生6741人，博士研究生2117人，留学生184人。

哈尔滨医科大学大庆校区位于黑龙江省大庆市高新区新阳路39号，于2004年10月建成投入使用。截至2023年12月，该校区占地面积114万平方米，规划建筑面积32万平方米，建筑总面积13.31万平方米，设有基础医学院、护理学院、医学检验与技术学院、药学院等10个教学院（系、部），建有1个中心实验室，9个教学、科研实验中心，实验室总数78个。校区在校生总数为8500余人，专兼职教师共计1053人。教师队伍中含龙江学者1人，哈医大星联岗位26人，博士、硕士研究生导师54人。

哈尔滨医科大学共有两个校史馆，分布在校本部与大庆校区两个校区内。

哈尔滨医科大学校本部校史馆建于2010年，并于同年开馆开放。截至2024年6月，校本部校史馆的展厅使用面积为1198.48平方米，陈列展品达500余件。其中，珍贵物品有毛泽东主席签署的哈尔滨医科大学校长任命书，江泽民、李鹏、乔石等中央领导的题词，伍连德博士身前用过的注射器等。

哈尔滨医科大学大庆校区校史馆于2018年6月举办开馆仪式，建在大庆校区图书馆楼B区二层。在建设过程中，大庆校区校史馆共收到离退休老领导、老教师、老职工等人提供的实物展品近500件。开馆之际，其建筑面积为630平方米，布展内容含17000多字的图文说明、876张图表、321块展板，离退休老领导、老教师、老职工等人提供的实物展品已展出390件。

伍连德纪念馆位于黑龙江省哈尔滨市道外区保障街140号，隶属于哈尔滨医科大学附属第一医院，是世界上第一座纪念伍连德博士的场所，也是“二位一体”的共建、共协单位，为省、市、民盟爱国主义教育基地和中国华侨国际文化交流基地以及市民喜爱的文博展馆。截至2022年7月，伍连德纪念馆占地面积达2000平方米，建筑面积达737.37平方米。该建筑坐南朝北，楼体为暗红色，坐基为灰色，是一座具有俄罗斯风格的二层砖木结构的楼房。截至2024年1月，该纪念馆内共设有5个展厅、2个复原场景，5个展厅按照专题分为四个部分，即“出生南洋 献身医学”“扑灭鼠疫 功绩卓著”“建树颇多 遗产丰厚”和“世人景仰 伟业永存”，全馆总计展出200余幅照片，记录了伍连德博士一生献身医学的片断。

明心湖位于哈尔滨医科大学校本部，坐落在药学院与公卫阳光大厅之间，建于2005年，为人工湖。明心湖内有湖心岛、假山流水及喷泉，湖边设有踏板、园林座椅和卫生箱等设施。其生态环境良好，放养有各色锦鲤、黄金龟等水生生物，还曾吸引了外来的3只野生鸳鸯。

人体生命科学馆位于哈尔滨医科大学大庆校区，始建于2006年，是中国东三省最大的“人体生命科学馆”。自2018年起，人体生命科学馆展馆便已实现了展品讲解信息化，参观者通过扫描展品上的二维码即可获得线上语音讲解。截至2023年11月，其展馆占地达600余平方米，分为断层标本展区、胚胎标本展区、系统标本展区等5大展区，共展出人体切片、人体血管、人体骨骼等标本6000余件，大部分标本为哈尔滨医科大学基础医学院相关教师亲手制作。

哈尔滨医科大学始终秉持铸魂育人的宗旨，培育出了张亭栋、巴德年等一批院士及众多的专家学者，为卫生健康和医药教育事业的发展作出较大贡献。