1990年3月—1994年5月，担任西藏自治区地矿厅地热地质大队总工办副主任。

1994年5月—1995年1月，担任西藏自治区地矿厅地热地质大队地质勘查院副院长、高级工程师（1994年12月晋升）。

1995年1月—2000年2月，担任西藏自治区地矿厅地热地质大队总工办主任、副总工程师（1999年05月晋升）。

2000年2月—2003年8月，担任西藏自治区地矿厅地热地质大队总工程师。

2001年11月，当选为中国工程院院士（系中国工程院第一位藏族院士）。

2003年8月—2006年9月，担任西藏自治区地质矿产勘查开发局党委委员、总工程师（副厅级）。

2006年9月—2009年1月，担任西藏自治区地质矿产勘查开发局党委副书记、局长、总工程师。

2008年，当选为2008年北京奥运会火炬手。

2009年1月—2011年1月，担任西藏自治区国土资源厅党组书记、副厅长，自治区地质矿产勘查开发局党委副书记、局长、总工程师。

2011年1月—2016年1月，担任西藏自治区人大常委会副主任。

2016年1月31日，西藏自治区十届人大四次会议通过一项人事事项，决定接受多吉辞去自治区人大常委会副主任职务的请求；7月，多吉因到退休年龄，不再担任西藏自治区国土资源厅总工程师职务。

2017年9月，以多吉和唐菊兴为核心的“多吉院士工作团队”签约成都理工大学，将在成都理工大学地热研究中心开展工作。

多吉参加完成西藏羊八井热田浅层热储资源勘查及评价工作。负责实施羊八井热田深部高温资源评价，提交110兆瓦（MW）发电装机容量。主持完成羊八井热田深部高温资源开发性勘查项目，负责实施完井的热田深井ZK4001孔，单井发电潜力达12.58MW，是中国第一口地热高产井。主持完成的该热田深部高温热储形成机制研究，填补了中国高温地热成因机制领域的空白，建立了西藏羊八井高温地热系统模型，提出了变质核杂岩系中高温地热系统形成及热流体运移的新理论，确定了大陆非火山型高温热田新类型。参加完成了西藏重点地热田含铯硅华地质调查，参加编写《新型水热成矿—西藏铯硅华》专著，该成果获地矿部和国家科技进步二等奖。负责开展西藏西部贵金属矿产的找矿工作，在岩金找矿获得了重大线索，为下一步在西藏地区以浅层低温热液型（热泉型）岩金矿找矿方面奠定了良好的基础。主持开展西藏中部主要交通沿线，寻找天然饮用矿泉水地质项目，发现并评价了西藏曲马多优质天然矿泉水水源地，该水源地属于西藏乃至世界范围矿泉水中珍惜的小分子团，锂、锶、硅酸，复合型优质天然饮用矿泉水。该矿泉水已开发成为商标“5100瓶装矿泉水”。

多吉全面负责西藏境内地质找矿技术管理工作，争取国家地质找矿资金向西藏的投入倾斜，并在西藏境内发现和评价了多个大型及超大型铜等多金属矿床。2011年与国土资源部、中国地质调查局、西藏地勘局等单位共同获得了国家科技进步特等奖。之后地质找矿成果，把西藏建成为中国重要的战略资源储备基地奠定了良好的基础。

截至2019年11月，多吉先后出版专著5部，发表论文90余篇。

截至2015年5月，多吉先后获得国家科技进步二等奖1项，地矿部科技进步奖二等奖、国土资源部储量报告质量二等奖、西藏自治区科技进步二等奖等各1项，地矿部找矿三等奖，勘查三等奖各1项。

多吉认为：国家提出科教兴国战略，建设创新型国家，不仅需要整个中华民族共同推进，同时还需要好的机制和体制来敦促。应当从学校的娃娃开始抓起，既要培养学生自己独立思考的能力，又要培养动手能力。用制度保证，用机制激励，从小的细节开始，才能使知识不被克隆化。作为创新型人才，最需要的是在野外实践中，培养发现问题、解决问题的能力，有了好的专业技术同时还要有比较好的心理素质来应对一些比较艰苦和冷门的专业。

多吉建议年轻地质工作者：要多参加国际上的交流活动，同时还要培养自主学习的能力，不论遇到多么艰苦的环境，都要保持良好的心态。

多吉为青藏高原地质理论创新和地质找矿突破作出了积极贡献。（中国工程院评）

多吉热爱西藏地质事业，献身于地质矿产资源勘查工作；勤奋好学，勇于实践，每年有多一半时间在野外第一线工作，是一名优秀的藏族地质工作者，为西藏地热资源勘查和开发、金矿资源调查做出了突出贡献。（李四光地质科学奖基金会评）

多吉在基础地质研究、地质矿产资源勘查开发等方面研究作出了卓越贡献。（西藏自治区科学技术厅评）

多吉在地质界德高望重，不光作为管理者培养了人才，建设了队伍。更重要的是他在科研上的贡献让他赢得了同行的尊敬。（《科技日报》评）