孢子虫类是不运动的，单核寄生虫，一般寄生在脊椎动物上。最为著名的孢子类是间日疟原虫（Plasmodium vivax），和其他三种。其中一个细胞核的有机结构会导致疟疾。它们入侵血细胞，然后分裂，最后从破裂细胞中逃出。

孢子虫类寄生，活体不易被采到。孢子虫类的生活史复杂，有的甚至不止一个寄主。

簇虫是体积最大的一类孢子虫，有的长达10mm。他们主要寄生在昆虫体内。孢子虫的一生（以被簇虫感染的黄粉虫为例）通常，寄主被感染上孢子虫是因为吞食了含有子孢子( 感染期)的孢子虫孢子, 这些孢子沉积在已被感染的黄粉虫的粪便里。食进的子孢子释放出来, 附着于肠上皮并进一步发展成营养子( 摄食期) 。

一个营养子由几部分构成, 前端为一简单、对称的头节, 后为一纤细的柄, 连接一个前节及其后一个较大的后节。头节象一只锚埋于肠上皮细胞中, 吸取营养物质。头节后的柄很容易断, 因此头节通常留在上皮细胞中。脱离头节的营养子仅由前节和后节组成,即为配子母体。细胞核位于后节, 呈圆形, 发亮。