1907年（清光绪三十三年）6月，清政府批准陆军部所拟巡防营暂行章程，将各省除改编为新军外的勇营、防军、绿营、团练等旧有军队经过挑选，汰弱留强，年龄20～35岁、身体强健者及新募民丁，编为巡防营。主要职责为各省清乡守土、保卫地方及与新军制衡。其编制、装备、训练大多采用新制、新法，但其官员多为旧军出身，士兵素质也次于新军。有固定防区，活动范围仅限本省，无统一番号。其编制为步队、马队。步队全营额设官、弁、兵、夫共301人，设左、中、右3哨，每哨8棚，每棚正兵9名；马队全营额设官、弁、兵、夫共189人，马135匹，设左、中、右3哨，每哨4棚，每棚正兵9名。各省划若干路，一般设左、右、前、后、中5路，每路不超过10营。各省巡防营一般由巡抚或提督统领，也有由原绿营在裁撤后保留下来的提督、总兵、参将等统领。路设统领、帮统1人；各营设管带、哨官、哨长统率之。至1911年（清宣统三年），全国有巡防营27万余人。民国初年，由北洋政府陆军部拟定警备队条例，改革巡防营体制，有的改编为正式陆军，有的改为省警备队，有的被遣散，有的仍保留。据北洋政府陆军部1916年统计，全国仍有巡防营六七万人，其中直隶、河南、奉天、山东、湖南、云南、热河、察哈尔、新疆等省有巡防营配置。被保留的巡防营与警备队一道被划为地方部队，归各省行政长官管辖。在民国初期的一系列政治和军事斗争中，巡防营还扮演着一定的角色。至北伐战争，被次第消灭，最终退出历史舞台。