按其尺寸，分大型底栖动物、小型底栖动物和微型底栖动物。按其生活方式，分固着型、底埋型、钻蚀型、底栖型和自由移动型。固着型是固着在水底或水中物体上生活的动物，如海绵动物、腔肠动物、管栖多毛类、苔藓动物等；底埋型是埋在水底泥中生活的动物，如大部分多毛类、双壳类的蛤和蚌、穴居的蟹、棘皮动物的海蛇尾等；钻蚀型是钻入木石、土岸或水生植物茎叶中生活的动物，如软体动物的海笋、船蛆和甲壳类的蛀木水虱；底栖型是在水底土壤表面生活、稍能活动的动物，如腹足类软体动物、海胆、海参和海星等棘皮动物；自由移动型是在水底爬行或在水层游泳一段时间的动物，如水生昆虫、虾、蟹等。多数底栖动物长期生活在底泥中，具有区域性强，迁移能力弱等特点，对于环境污染和变化通常少有回避能力，其群落的破坏和重建需要相对较长的时问；多数种类个体较大，易于辨认；不同种类底栖动物对环境条件的适应性和对污染等不利因素的耐受力和敏感程度不同。根据上述特点，利用底栖动物的种群结构、优势种类、数量等参数可以反映水体的质量状况。