1980/81赛季，罗恩·诺兹接管了危机中的水晶宫队，他在1984年聘请28岁的斯蒂夫·科佩尔（Coppell）为主教练，希望斯蒂夫·科佩尔能在随后的7年中将球队重建为英格兰一流的球队。他们两人的密切合作使得这一目标得以实现，1988/89赛季，在升级附加赛中主场击败布莱克本队之后，水晶宫队再一次进入甲级联赛。

1989/90赛季，水晶宫队在这个赛季创造了多项俱乐部的历史纪录。球队先是在安菲尔德球场以0-9惨败给利物浦队，创造了最大的输球纪录。但在随后的足总杯半决赛中他们又以4-3击败利物浦，报了一剑之仇，在历史上首次进入足总杯决赛。尽管他们在决赛中输给了曼彻斯特联队，但伊恩·赖特在比赛中的两粒进球仍令球迷津津乐道，球队也在这个赛季中确立了在英格兰联赛中的地位。

1990/91赛季，是俱乐部历史上最为成功的一个赛季，他们不仅获得甲级联赛季军，而且在温布利的ZDS杯决赛中击败埃弗顿队，成功捧杯。

1992/93赛季，在最后一轮联赛中，水晶宫队在客场输给阿森纳后不幸降级。曾在水晶宫队效力过的伊恩·赖特为阿森纳队攻入一球。这也是斯蒂夫·科佩尔执教的最后一场比赛，他的助手随后接替了他的主教练一职。随后的两个赛季中，水晶宫队又完成了一个升级、降级的循环。

1996年1月，戴夫·巴塞特被任命为主教练，他在执教的第一个赛季中就率队打入升级附加赛的决赛，但在最后时刻输给莱切斯特队，痛失晋级资格。但历史总是惊人的相似，12个月后水晶宫队再一次进入升级附加赛决赛，并依靠最后一分钟的进球以1-0击败了谢菲尔德联队，成功升入超级联赛。但这时戴夫·巴塞特已经去了诺丁汉森林队执教，斯蒂夫·科佩尔又重掌帅印。

1997/98赛季，球队再次降级，马克·戈德堡成为新的俱乐部老板，他在这年6月将特里·维纳布尔斯请回来执教。但他的雄心壮志未能实现，球队没能再次升入英超，并且在财政上出现困难。又经历多年的徘徊与奋斗后，2003-04赛季水晶宫终于在主教练道维的带领下冲超成功。

2004/05赛季，水晶宫队在英超联赛中排第十八位，惨遭降级英冠联赛。2005/06赛季，在英格兰冠军联赛中排第六位，附加赛第一轮两回合总比分0-3负于沃特福德，冲超失败。直到2012/13赛季，水晶宫在英格兰冠军联赛排第五位，附加赛第一轮两回合总比分2-0淘汰布莱顿，决赛加时1-0淘汰沃特福德，时隔八年重返英超。

2012年7月18日，青训教练库蒂斯·弗莱明（Curtis Fleming）获提升为一队新教练，而前布里斯托尔流浪者青年军教练詹姆斯·富勒顿（Jamie Fullarton）则获聘填补其空缺。

2012年10月23日，主教练道奇·弗里德曼（Dougie Freedman）转投另一支英冠球队博尔顿。2012年11月3日，从布莱克浦邀请伊恩·霍洛韦（Ian Holloway）接掌球队，签约四年半，同时聘用前布里斯托尔城主教练基夫·米伦（Keith Millen）担任助理主教练。

2013年3月28日，球队的首席射手格伦·默里（Glenn Murray）续约三年，留队至2016年。2013年11月23日，水晶宫官方确认了新帅人选，2011-12赛季结束后离开斯托克城的托尼·普利斯与该队签约两年半，肩负起率领水晶宫保级的重任。

2014/15赛季，水晶宫是在危机中开幕的，托尼·普利斯在八月开赛前两天离开俱乐部。除了对利物浦的胜利以外，所有糟糕的结果接踵而至，在12月27日水晶宫已经处于降级区，暴躁的尼尔·沃诺克被赶下了主教练位置。前水晶宫球员和俱乐部偶像阿兰·帕杜从纽卡斯尔联队火线加盟，在球迷和球员的全力支持下，水晶宫最后以第10名结束了2014/15赛季征程，这也是俱乐部有史以来第二高的英超排名。

2015/16赛季，水晶宫在英超联赛中取得11胜9平18负的成绩，共计42分，最终排名15位。

2017/18赛季，水晶宫由开季未尝一胜，联赛四连败兼零进球，最终弗兰克·德波尔执教77日后遭辞退。2017年9月13日，英超球队水晶宫官方宣布正式任命老帅罗伊·霍奇森担任球队主帅，替此前下课的弗兰克·德波尔带队执教剩余的赛季比赛。霍奇森和水晶宫签下了一份为期两年的合约。霍奇森上任初，球队延续了连败且一球未进的纪录，水晶宫也成为英超历史上第2支开局7连败的球队。10月14日，在英超第8轮水晶宫主场对阵卫冕冠军切尔西的比赛中，水晶宫2-1战胜切尔西，终于收获2017/18赛季的首场联赛胜利。之后球队打出一波8轮不败，还在主场0-0逼平当赛季百分冠军曼城，终结了对手的联赛18连胜。赛季末水晶宫积44分成功保级，成为自1899/1900赛季的利物浦以来首支在经历开季7连败后保级成功的顶级联赛球队。

2021年7月4日，帕特里克·维埃拉出任球队主帅。

2023年2月，水晶宫官方宣布，阿森纳中场洛孔加租借加盟，租期至本赛季结束。3月，维埃拉下课，霍奇森第二次执教水晶宫。6月，球队免签前伯恩茅斯中场球员莱尔马。8月，俱乐部签下前腰弗兰萨；乔尔·沃德被任命为球队队长。9月，门将迪恩·亨德森、中后卫霍尔丁加盟水晶宫。

2024年2月，水晶宫签下中场亚当·沃顿。

2024年5月，水晶宫官宣已经与施卢普、威尔-休斯以及队长沃德续约至2025年，这3名球员原本的合同都是本赛季结束后到期。

2024年6月，与克莱因、雷米·马修斯续约至2025年，内森·弗格森、里德瓦尔德、汤姆金斯合同到期离队。7月，镰田大地自由身加盟，奥利斯转会离队。8月，水晶宫签下伊斯梅拉·萨尔、拉克鲁瓦、特纳、埃迪·恩凯蒂亚，租借查洛巴，外租杰苏伦·拉克-萨基、艾哈迈达，乔丹·阿尤、约西姆·安德森、萨姆·约翰斯通转会离队。

2022-23赛季一线队名单，更新于2022年9月30日。

从俱乐部成立后的最初40年，水晶宫队没有自己的队徽。直到1940年代末，最初的队徽开始使用的形象是海德公园的一栋建筑。但在那之后，鹰的形象被加入到队徽之中，水晶宫的绰号也变成了“鹰队”。