微生物作为示踪剂的应用，包括如下步骤：地层水水质分析和地层水土著微生物分析；在现有好氧或兼性厌氧微生物中筛选至少在菌体形态、菌落形态或生长温度三个参数中一项与地层水土著好氧或兼性厌氧微生物不同的、在油藏环境下可以芽孢或其他休眠体的形式保持生命的微生物作为示踪微生物；由注水井注入油藏；在对应的采油井取样检测，根据检测结果对油藏特性及注入水的流动参数进行分析。所述方法以无毒、无污染的微生物为示踪剂，利用油田现有注水装置注入，采用简便的显微镜或平板培养计数法检测。本发明是一种既科学又经济可靠的油藏井间示踪方法，具有施工简便、成本低、检测范围宽、灵敏度高、对人及环境无害等优点。