新莽时期，穰县易名农穰。东汉初复。东汉建安十三年（208年），曹操进兵荆襄，取穰，三国时，穰县属魏荆州南阳郡。晋武帝太康三年（282年），属荆州义阳郡。北魏太和二十一年（497年），穰县属新野郡，并为新野郡治所在地。隋文帝开皇三年（538年），邓州治穰县。隋大业三年（607年），改邓州为南阳郡，唐武德二年（619年）改南阳郡为邓州。天宝元年（742年），又改为南阳郡。乾元元年（758年）复称邓州。隋唐时期，先后称邓州3次，称南阳郡3次，治所均在穰县。明洪武二年（1369年）二月，废穰县。十三年（1380年）十一月复置穰县。十四年（1381年）五月，复省穰县入州，穰县自此不再设。