1997年，担任南京航空航天大学校长助理。

1998年，担任南京航空航天大学副校长、党委常委。

2001年，担任南京航空航天大学校长、研究生院院长。

2002年，完成了专著《Dynamics of Controlled Mechanical Systems with Delayed Feedback》，由Springer-Verlag出版，这是中国学者在Springer-Verlag出版的第一部机械动力学专著。

2006年，担任南京航空航天大学党委副书记。

2007年，当选为中国科学院院士；同年8月，担任北京理工大学校长（副部长级）、党委委员、党委常委、党委副书记。

2010年10月19日，当选发展中国家科学院院士。

2013年1月，继续担任北京理工大学校长。

2017年9月，担任北京理工大学党委副书记，任职时间自2017年7月24日党组会决定之日起计算。

2017年12月，不再担任北京理工大学校长。

现任中国科学院学部第七届科学道德建设委员会主任。

胡海岩长期从事非线性动力学与控制研究，研究振动控制系统的非线性动力学建模、稳定性与分岔分析、控制器设计等问题，揭示了反馈时滞、弹性约束、迟滞阻尼等因素引起的非线性动力学规律，提出了若干新控制策略针对斜碰撞振动，揭示了新的碰撞振动及分岔机理，提出了碰撞隔振系统的非线性动力学设计方法基于上述理论和方法解决了多种飞行器研制中的振动控制问题。

截至2016年12月，胡海岩出版著作《Dynamics of Controlled Mechanical Systems with Delayed Feedback》（Springer-Verlag）等5部；发表期刊论文162篇，其中62篇被SCI收录，83篇被EI收录。

2012年，胡海岩负责，北京理工大学、北京工业大学、南京航空航天大学和中国空间技术研究院西安分院共同申报的国家自然科学基金重大项目“大型可展开空间结构的非线性动力学建模、分析与控制”获批资助，资助总经费2000万元。

截至2016年12月，胡海岩作为第一完成人获得国家自然科学奖二等奖1项，国家科技进步奖二等奖1项，部级科学技术奖一等奖2项、二等奖2项。

胡海岩认为，21世纪初的精英教育有其新的内涵，特别重视在学生全面素质培养基础上创新能力和创新思维的培养和提高。他还认为，人文教育不可或缺，在高层次人才的培养中，需要注重高雅科学品位。当然，这包括很多方面，而重视美学教育是其中一个重要方面。如果一个人有很好的美学修养，势必对于艺术、哲学有比较多的关注，这种关注会引导他从哲学的高度和艺术的角度来看待所从事的科学研究或者技术研究。

胡海岩认为，大学要先从强校抓起，不但要有自己的“大楼”、“大师”，还要有“大气”。这种以人为载体的“大气”是培育大学精神、引领大学发展的关键，这种“大气”能够彰显特色，去除趋同，营造新时代精英教育的氛围。利用“大气”营造精英教育的氛围，需要抓好学科建设、培养体系、管理体制等等方面的工作，但是师资队伍建设是第一位的。一是要加强团队建设，倡导在工科学术团队中由部分优秀教师和学生从事基础研究，开展前沿探索。二是鼓励理科教授与工科学术团队结合，着力从工程项目中提炼和解决科学问题。三是提供专项资金，鼓励师生凭兴趣自由探索科学问题和技术难题。

胡海岩在攻读博士学位前进担任了几届本科生《飞行器振动基础》的课程教学。1994年，胡海岩开始为研究生开设了新选修课《应用非线性动力学》。

截至2016年5月，胡海岩已培养博士20名，其中3名获全国优秀博士学位论文，1名获国家杰出青年科学基金。

胡海岩主要从事与国防科技相关的非线性动力学、振动控制研究，在振动控制系统的非线性动力学、结构碰撞振动理论及其应用方面作出了重要贡献。（南京航空航天大学评）

胡海岩在振动控制系统的非线性动力学、飞行器中的非线性隔振技术、纳尺度系统的动力学等方面做出同行公认的贡献。（北京理工大学评）