经过先前的几番周折和思想斗争，彼得·帕克终于在章鱼博士手中救出自己的挚爱玛丽·简·沃岑之后，平衡了在心中冲突许久的“爱情”与“作为蜘蛛侠责任感”之间的矛盾。此后，渐渐进入平静的纽约城以及众多喜爱蜘蛛侠的人们也更加开始喜欢这位“蜘蛛英雄”了。而沉浸在幸福中的彼得则每日充分享受着《号角日报》的记者工作，另外，彼得更是时刻会以“蜘蛛侠”的身份及时出现于那些敢于冒犯法律的街头罪犯们的面前。

彼得的好友哈里·奥斯伯恩在同样经历了一系列变故之后，终于察觉到蜘蛛侠的身份原来是自己多年的好友。百感交集的哈里始终抵不过失去父亲巨大痛苦的纠缠，发誓有一天要报杀父之仇。而偶然间，在父亲密室里发现“绿怪”的战斗装备，新一代“加强版绿怪”就此诞生。罪犯弗林特·马克侥幸从监狱中逃脱，并在偶然的事故之后，变成了威力巨大的“沙人怪”。而当彼得得知此人与杀死叔父本·帕克的凶手有着莫大的联系时，更燃起了他复仇的怒火——发誓要尽快抓捕“沙人”归案。而强悍的“沙人”自然也不会轻易束手就擒。再次与恶人们大打出手的蜘蛛侠又面临危机——一个神秘外星生物降临地球，偏巧附着在大侠的战衣上。