（1）这个东西不用想实验坐出来什么样子就是什么样子。如果自己没有条件，需要从公用的PDB数据库里看别人解析的复合物结构，将要具体了解的酶或受体与期配体的复合物下载下来，看看是否该口袋是否都是疏水口袋，还是有化合物是部分暴露在口袋外，口袋里的环境也一目了然。

（2）在非虚拟筛选过程中，能与酶或受体结合的小分子一定是结合在活性结合位点上。PDB数据库的结构都是实验结构，如果是计算的结构会有说明。

小分子应该一定是与其靶点结合在其结合位点上。但是，可能激动剂，拮抗剂（又细分几个类型）可能结合方式不一样。即使是同一机理的结合方式可能还不一样。