民国十一年（1922年），钱崇澍被聘为国立北京农业大学教授（至1923年）。同年，与植物学家胡先骕合作，依靠中华文化教育基金会的补助，在南京秉志教授创立的中国科学社生物研究所内组建植物部，建立起实验室、标本室、图书馆，并开展调查研究，出版刊物图谱。

民国十二年（1923年），钱崇澍到清华留美预备学校教生物学。同年，与邹秉文、胡先骕合作编写了中国第一部生物学教科书《高等植物学》。

民国十五年（1926年），钱崇澍担任清华大学生物系第一任系主任。当他完成植物区系工作后就辞去系主任职，南下到厦门大学任教授。

民国十七年（1928年），钱崇澍担任中国科学社生物研究所研究教授兼植物部主任及四川大学教授兼生物系主任（至1945年）。

民国二十二年（1933年）8月20日，经钱崇澍和李继侗、张景钺、胡先骕、陈焕镛、陈嵘等19名植物学家发起及筹备的“中国植物学会”成立大会在四川重庆北碚中国西部科学院召开，钱崇澍被选为评议员，此后他一直担任中国植物学会的领导人之一。

民国二十三年（1934年），在江西庐山莲花谷召开的中国植物学会年会上，钱崇澍被选为《植物学杂志》（《植物学报》的前身）的编辑。

民国二十六年（1937年），抗日战争爆发后，在中国西部科学院卢作孚的帮助下，钱崇澍率领中国科学社生物研究所一部分科技人员，迁往西南大后方重庆北碚，找到了一个落脚点。

民国三十四年（1945年），钱崇澍担任复旦大学教授兼农学院院长（至1949年）。

民国三十七年（1948年），钱崇澍当选为中央研究院院士。

1950年，钱崇澍应邀出任中国科学院植物分类研究所（1953年改名植物研究所）研究员兼所长。

1953年，中华全国科学技术普及协会北京分会成立，钱崇澍任主席。

1955年，钱崇澍当选为中国科学院首批学部委员（院士）。

1959年，钱崇澍主持了《中国植物志》的编撰工作（至1965年），担任主编以及荨麻科部分的编写工作。从他任主编期间，《中国植物志》共出版了3卷。

1963年10月，在北京科学会堂举行了中国植物学会30周年纪念会，并庆祝钱崇澍从事科学研究工作50周年。会上，他继续当选为中国植物学会理事长。

1965年12月28日，因胃癌在北京逝世，享年82岁。

1916年，钱崇澍在中国国外发表了《宾夕法尼亚毛茛两个亚洲近缘种》，这是中国人用拉丁文为植物命名和分类的第一篇文献。1917年他在中国国外又发表了中国应用近代科学方法研究植物生理学的第一篇文献《钡、锶、铈对水绵属的特殊作用》。他还首次写出了中国植物生态学和地植物学的论文《安徽黄山植被区系的初步研究》。钱崇澍还在中国国内第一个选择了在植物分类工作中难度较大的兰科、荨麻科、豆科、毛茛科等植物进行系统的研究。

1917年，钱崇澍发表了《介绍新著动植物显微镜法》，1929年翻译了《细胞的渗透性质》、《自养植物的光合作用》等植物生理方面的论文。钱崇澍早期的论著和译文，大多数发表在《科学》《中国科学社生物研究所论文集》《中央研究院植物学文集》等刊物上。除上述文章外，他所发表的《森林之种类与分布》《植物疏密之试验》《植物之天演》《浙江之兰科三新种》《中国植物之新种》等也都是当时的代表作。

1927年，钱崇澍发表了中国最早有关中国植物生态学和地植物学的论文，是研究中国植物生态学的第一个学者。

钱崇澍重视野外考察工作，1916年回国后不久，他就不辞辛苦，深入浙江、江苏南部进行植物区系的研究，采集植物标本1万多号，特别是对浙江省植物做过系统的收集和整理。他还制定植物调查规划，组织采集队走遍了苏浙皖川等省，积累了丰富的资料，为中国东南、西南植物分类、区系和植被等方面的研究开辟了道路，也为以后编写地区植物志、全国植物志以及研究植物地理学等创造了条件。

钱崇澍对植物学史亦颇有研究，同时也颇看重科学普及工作。他独立完成或与他人合作完成许多重要文献，如：《中国森林植物志》《中国植物图鉴》《中国植物区划草案》《中国植被类型》《黄河流域植物分布概况》《中国植物志》等。

1956年，钱崇澍等五位科学家向全国人大提交的关于需要在全国各省（区）划定若干个森林禁伐区（自然保护区）的92号提案得以通过。林业部（现国家林业局）于当年10月随即提交了《林业部关于天然森林禁伐区（自然保护区）划定草案》，并于当年率先在广东鼎湖山建立了中国第一个自然保护区，拉开了中国自然保护区建设事业的序幕。

出版书籍

期刊论文

钱崇澍. 植棉疏密之试验[J]. 科学, 1916, 2(6).

钱崇澍. 介绍新著动植物显微镜法[J]. 科学, 1917, 3(4).

钱崇澍. 植物之天演[J]. 科学, 1919, 4(9).

钱崇澍. 江苏植物名录[J]. 科学, 1919, 4(11).

钱崇澍. 森林之种类与分布[J]. 科学, 1923, 8(2).

钱崇澍. 安徽黄山植物之初步观察[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1927, 3: 1-85.

钱崇澍. 浙江兰科之三新种[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1930, 6: 23-32.

钱崇澍, 郑万钧. 中国植物之新种[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1931, 6: 59-77.

钱崇澍. 南京钟山之森林[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1932, 7: 191-204.

钱崇澍. 南京钟山山顶岩石植物之观察[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1932, 7: 215-227.

钱崇澍. 豆科之新种[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1932, 8: 129-134.

钱崇澍. 南京的虎耳草科和蔷薇科植物[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1933, 9: 48-57.

钱崇澍. 南京的桑科荨麻科和豆科植物[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1934, 9: 142-162.

钱崇澍. 浙江荨麻科植物[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1934, 9: 251-271.

钱崇澍. 中国荨麻科之研究[J]. 植物学汇报, 1935, 1: 1-7.

钱崇澍. 中国东部兰科之一新属[J]. 中国科学社生物研究所论文集, 1935, 10: 89-92.

钱崇澍. 檀梨属的一个新种[J]. 中央研究院植物学文集. 1947, 1: 128.

钱崇澍. 黄河流域植物的分布概况[J]. 地理学报, 1954, 20: 269-278.

钱崇澍, 吴征镒, 陈昌笃. 中国植被类型[J]. 地理学报, 1956, 22: 37-92.

1922年至1923年，钱崇澍在北京农业大学讲授《植物学》、《植物生理学》、《植物分类学》、《树木学》等课程。

钱崇澍重视培养学生独立工作能力和树立专业思想。他教植物分类课，让学生自己采集标本，查阅图鉴、检索表，自己定名，然后根据他们的工作情况评定成绩，讲授时不是只教一科、一属或一种，而是将某些地区的植物进行综合讲解，阐述它们之间的亲缘关系以及在自然系统中的地位。

钱崇澍十分重视野外实习，每周带领学生到野外实习一次，认识自然界的植物和丰富多彩、千姿百态的植物景观，使学生进一步理解了课堂内容，唤起同学们极大的兴趣和采集热情，并逐渐养成了他们热爱植物和植物学的兴趣。

钱崇澍在北京农业大学教授《生理学》时，从植物和水、土壤、阳光的关系，再谈到植物的生命活动，并通过室内和田野对植物的观察，增加学生的感性知识。

钱崇澍是植物分类学家秦仁昌的启蒙老师，也是秦仁昌的毕业论文《南京木本植物》的指导老师。钱崇澍为中国培养了许多植物学人才，他的不少学生如李继侗、郑万钧、曲仲湘、方文培、杨衔晋等等，都已成为中国国内外知名的植物学家。

钱崇澍为了帮助成绩优秀的青年出国深造，到处奔波，争取国内外的奖学金。如方文培、裴鉴教授30年代出国留学，都曾得到他的帮助。他还热情支持青年人发表著作，如裴鉴的《中国药用植物》就是在他的建议下写成的；吴中伦翻译的《植物群落学》，是由他帮助修改、校对的。他审阅各种文稿，都是逐字逐句，包括学名的拼法，文字的修辞，以及标点、符号等都认真审查、修改，并给批注。直到他晚年养病期间，仍然为《植物学报》审阅和校对稿件。

钱崇澍还非常珍视助手和学生的劳动以及彼此之间的友情。中国科学社采集员陈长年在野外工作中不幸逝世，钱崇澍为了纪念他，特以陈长年的名字作为兰科中的一个新属名，这就是长年兰属（Changnienia）定名的由来。

钱崇澍是吴越国开国国王钱鏐之后。钱崇澍的祖父钱保塘，曾任四川县令。父亲钱剑虹，善做诗词，以教书为生，家中略有积蓄，有子女十人，钱崇澍排行第三。在家庭的熏陶下，钱崇澍自幼勤奋好学，少年时代在家乡读私塾。

1937年，中国科学院生物研究所迁到北碚后，那时经费更加困难，物价飞涨，而国民党又以不改为国立就不发给平价米来威胁，企图控制这个研究所。许多职工难以维持生活。为了摆脱困境，钱崇澍带领大家种菜、养猪等，还和一些高级职员到外面兼课，以所得平价米来补助困难的职工，维持最低限度的生活，保存了这支队伍。

抗日战争时期，国民党要员乘机大发国难财。有人看到钱崇澍生活困难，劝他去做国民党立法委员，他断然拒绝，并写诗明志。他宁愿到几十里以外的一个中学去兼课以维持生活。抗战胜利后，钱崇澍随复旦大学迁回上海，任农学院院长。当时国民党镇压学生的正义斗争，钱崇澍总是站在革命学生一边，凡学生参加反蒋斗争活动都不算缺课。他自己也参加过进步组织的活动。

1947年，当有人提出由美国出钱与中国合编《中国植物志》时，钱崇澍慷慨陈词：中国的植物志，必须由中国人自己编写，不能由外国人写。他的意见受到有民族自尊心的爱国科学工作者的拥护。中华人民共和国建立前夕，有人诱惑他去台湾，他坚决拒绝，随即以全部精力投入了中华人民共和国的建设事业。

无论在高校任教，还是在研究所工作，钱崇澍始终坚持科研与教学紧密结合，为中国培养了一批优秀的植物学家。凡他任教过的学校，都建立了植物标本室，为各地开展植物区系研究奠定了基础。在植物分类学方面，钱崇澍是第一个用拉丁文发表植物新种的中国科学家，开中国学者发表植物新种之先河；在植物生理学方面，他是中国最早研究植物生理学的学者；在植物生态学和植物群落学方面，他是研究中国植物生态学的第一个学者。（中国社会科学网评）

钱崇澍是著名的植物学家和教育家，也是一位有实干精神的科学组织者。他把一生献给祖国的科学事业。他的高尚思想、品德，渊博的学识及谦虚谨慎、刻苦严谨的治学态度赢得了中国植物学界的普遍敬重。（光明网评）