人体的第三道防线主要是由免疫器官和免疫细胞组成的。免疫器官主要有胸腺、脾脏和淋巴结等，它们对淋巴细胞的发生、分化和成熟具有重要作用。脾脏和淋巴结还有清除病原体等物质的作用。免疫细胞主要是淋巴细胞。

当病原体进入人体后，刺激淋巴细胞，淋巴细胞就产生一种抵抗该病原体的特殊蛋白质，叫做抗体。引起人体产生抗体的物质叫做抗原。一定的抗体能与一定的抗原结合，从而促进白细胞的吞噬作用，将抗原清除；或使病原体失去致病性。抗原被清除后，抗体仍存留在人体内。当同样的抗原再次侵入人体时，就会很快被体内存留的抗体以相同的作用加以清除。