1884年7月底，霍勒斯·艾伦要求前往朝鲜的申请很顺利地被批准了。但对于视洋教为“邪教”的朝鲜来说，美国长老会爽快允许艾伦去那里是不可思议的。事实上，长老会并非不顾传教士们的安全，之前已有多个传教士申请去朝鲜未获通过。一个关键的原因是，当时一个美国慈善家捐了7000美元给长老会，而那位慈善家则指定要把这笔资金用于朝鲜的传教事业上，而艾伦的申请恰好如期而至，因此长老会顺水推舟让艾伦去朝鲜，艾伦也获得并把握了一个千载难逢的去朝鲜的好机遇。1884年9月15日，艾伦到达朝鲜济物浦（今韩国仁川），9月20日来到朝鲜首都汉城（今韩国首尔），受到了美国驻朝公使福特（L. H. Foote）的热情接待和妥善处置。尽管他不无偏见地认为当地人“既懒又脏”，可还是对他们充满了好感。他对朝鲜的风俗、饮食等习惯也产生了兴趣，甚至不到美国驻朝公使馆解决食宿问题，而是住当地旅馆，吃狗肉和米饭。从此他就和朝鲜结下不解之缘。

艾伦初到朝鲜以后，当时朝鲜仍在禁教，因此为了避免艾伦遭迫害，福特公使让艾伦作为公使馆医生的身份·活动，但这并没有能够掩盖艾伦的身份，就连朝鲜国王都曾直截了当地向福特询问艾伦是不是一名传教士。真正让艾伦在朝鲜立足的，并非是福特的庇护，而是拜当时朝鲜的政治形势所赐。原来当时朝鲜国内亲日的开化党和亲华的事大党剑拔弩张，矛盾日益尖锐，最终导致了1884年12月4日夜晚，以金玉均为首的开化党人联合日本发动“甲申政变”，清洗事大党。其中事大党的一个重要人物、朝鲜王妃闵妃的侄儿闵泳翊在邮政局宴会时出门救火，被日本人和开化党人砍成重伤，性命危在旦夕。朝鲜政府的德国籍顾问穆麟德立刻救起闵泳翊，为他做了简单地包扎后，送到自己家中暂避。有人建议请日本公使馆医生来，但在日本介入政变的情况下这样无异于羊入虎口。于是穆麟德想到了艾伦，他不顾艾伦的传教士身份，立即写了一张请求艾伦出诊的便笺，委托美国公使馆交给艾伦，他还派了五十名朝鲜士兵与美国公使馆人员一起赶到艾伦住处。当时的艾伦还在睡梦之中，突然被急促的门铃声和门外的吵闹声惊醒，才知道穆麟德的紧急求救。出于职业道德，艾伦立刻动身，同士兵们急速前往穆麟德家中。12月5日凌晨，艾伦见到了重伤的闵泳翊，发现他身上到处都是伤口和淤血，较为严重的地方不下七处，一处伤及额头，另一处伤及左耳及脊背，还有好几处伤及胳膊和大腿。艾伦经过一夜的紧急救治，终于成功完成手术，救活了闵泳翊。

这件事是艾伦一生的转折点，不仅为艾伦在朝鲜传教开辟了道路，也是艾伦卷入朝鲜政坛的开端。但最开始带给艾伦的是恐慌，因为甲申政变很快在1884年12月6日被袁世凯率领的清朝驻军镇压下去，而美国人支持开化党已经是众所周知。尤其是知道开化党的后台——日本的驻朝公使馆及侨民遭到数万汉城市民的袭击以后，美国驻朝人员更是一度惶惶不可终日。艾伦在给姐姐的信中曾写道，“我当时只感到恐惧……我教会了妻子怎样使用左轮手枪并嘱咐她在危急时刻先杀了孩子再自杀。另外，我还要对自己的病人闵泳翊负责，我认为如果不能将他治愈的话，那么自己就有被处死的可能”。但事态的发展证明了艾伦的担心是多余的，他不仅救了闵泳翊，还为受伤的清兵治疗，因此朝鲜人和中国人对他都很友好。尤其是他拯救闵泳翊使他获得了宠爱闵泳翊的闵妃的好感，1885年2月，他被闵泳翊推荐为朝鲜宫廷医生，3月，他又破天荒地被批准为朝鲜大王大妃赵氏（神贞王后）看病，同时觐见了当时的朝鲜国王李熙（朝鲜高宗）。1885年4月10日，在朝鲜王室的支持下，艾伦终于开设了一家西洋医院——“广惠院”（不久后改名济众院，今韩国延世大学附属医院），他自己也开始使用一个朝鲜式中文名——安连。

由于安连获得朝鲜王室的礼遇和信任，因此不少朝鲜官员都来结交他，日本公使馆也热情地招聘他为医生，就连以排外著称的国王生父兴宣大院君也在被清廷释放归国后拜访了安连，安连也因此由一名普通的传教士一跃而成为朝鲜政坛的重要人物，1886年3月，安连被朝鲜国王允许在济众院中开设新式学校以教授医学及自然科学，国王还特别授予他正二品的官阶。朝鲜政府也默许安连进行传教。于是，安连在济众院开张后就大力招徕美国传教士来朝鲜，包括元杜尤（H. G. Underwood）、奇兰敦（M. F. Scranton）、亚扁薛罗（H. G. Appenzeller）等人，他们都供职于朝鲜宫廷，在朝鲜社会和政界发挥重要作用，但是他们后来与安连产生较大矛盾，因此安连开始寻求远离传教事业，介入了朝鲜外交活动。

安连最早介入朝鲜的外交，是在1886年朝鲜和法国建交之时，法国在谈判中要求朝鲜政府允许天主教传教自由，安连为了维护基督新教在朝鲜王室特许下的优势地位，极力阻挠朝法建交，他曾进宫向朝鲜高宗诋毁天主教，说道：“我们美利坚民族是崇尚独立的民族，厌恶任何企图剥夺我们权利的行为。假设我们成为天主教徒，那么连我们的总统就都要服从罗马教皇，这是我们绝对不能接受的事情”；另外，艾伦还向高宗讲解了天主教与新教在对基督教教义理解上的几点不同，旁敲侧击地提到天主教不如新教对上帝的信仰更加虔诚。但最终还是缔结了《朝法修好通商条约》，天主教传教获得允许。不过很快一次重大任务降临到安连头上，使他第一次正式登上朝鲜外交舞台，这就是他在1887年8月被任命为朝鲜驻美使团的书记官，随朝鲜公使朴定阳前往美国，负责使团的向导和翻译工作。这不仅是安连返回阔别数年的祖国的机会，也是一次具有重大意义的外交活动。以此为契机，安连接受了高宗的任命，从此不再是一名传教士，开始成为一名长袖善舞的外交官。

当时的朝鲜是中国清朝的属国，清朝政府不希望朝鲜对外派出常驻使团，其后又向朝鲜规定了所谓“三端”，第一端就是朝鲜使臣抵达美国后必须向中国驻美使馆报告，然后又中国公使带往美国外交部，这无异于表明朝鲜是中国的附属国，而安连则标榜朝鲜独立自主，自然容不得“三端”的存在。朴定阳在1888年1月9日抵达美国首都华盛顿以后，并不打算违反“三端”，安连了解这个情况后竭力劝阻。安连在日记中记录道：“朴公使昨天（1月9日）坚持说必须拜会中国的公使馆，我用尽办法才说服了他，最后我甚至说，如果您在去见贝亚德国务卿之前必须拜会中国公使馆，或者送去自己的名片，我就辞去朝鲜使节团的职务！”在安连近乎威胁的阻挠下，朴定阳最终没有去拜会中国公使馆报告，违反了“三端”。安连后来对此不无得意地说：“我是以自己的辞职作为赌注的，因为我预见到：自己一旦辞职，朴公使就会颜面全无、在没有随员的情况下回国。”他在给姐姐的信中也写道：“那样的成果完全是由于我的努力。如果没有我，那么这个国家（朝鲜）就不会获得国王所一直期望的独立；即使勉强获得，也不会被有效保障。”朴定阳违反“三端”引起了清朝的强烈不满，袁世凯因此对朝鲜政府施压，并将责任归咎到朴定阳身上，要求加以严惩。但清朝完全不知道这是一个美国人——安连的挑唆。朴定阳事件也给中朝宗藩关系带来恶劣影响，加深了两国间的裂痕。

安连在美国为朝鲜使馆做书记官期间，为吸引美国对朝鲜的资本输出，做了大量的工作。首先，他在报刊上发表文章向美国公众介绍朝鲜，着重指出朝鲜矿产资源丰富，还拥有大量的廉价劳动力，告诉投资者在朝鲜将有巨额利润可图。其次，他积极与美国政府增进联系，以寻求对在朝投资者的支持和保护。尽管当时美国的外交政策仍然不是十分热衷于东方事务，但国务卿贝亚德（Thomas Francis Bayard）表示，政府还是希望看到美国人在有关朝鲜的诸如采矿、贷款及商贸等事务上发挥作用，政府承诺对此将提供支持和保护。最后，他亲自为朝鲜政府筹措贷款，以换取朝鲜国王在使团临行前就与他商定的美国人在朝鲜投资兴办铁路、水利、电力等基础设施的优先权。当然，朝鲜方面之所以给贷款开出如此优厚的担保条件，是因为当时其财政拮据而函需资金以维持运转。可是，许多美国资本家对此都仅持观望态度，他们只是凯觑权益而不愿提供贷款，这最终导致了贷款计划的不了了之。由于安连在美国活动成效不大，因此他在1889年10月辞去美国驻朝公使馆职务，返回了朝鲜。

安连回朝鲜后，没有进行传教，而是继续谋求外交官的工作，终于，他在1890年8月被任命为美国驻朝公使馆书记官，他实际上是美国公使馆的二把手，自1891年后，每次公使空缺或离职时，就由安连出任代理公使。安连任公使期间，大力鼓吹“朝鲜独立”，因此他在甲午中日战争中支持日本一方，甚至一度为日本击败清军、将中国赶出朝鲜而欢呼。但其后日本对朝鲜干涉日甚一日，安连又对日本不满。这种不满到1895年乙未事变时发展到顶点，日本公使三浦梧楼策划浪人和日军攻入景福宫，暗杀了亲俄排日的闵妃。时任美国驻朝代理公使的安连在事发后不久立刻会同俄国驻朝公使韦贝尔进宫，质问三浦梧楼。安连从证人美国军事教官戴伊那里了解了事变真相，并作了详细的报告书，揭露日本杀害闵妃的罪行；然后又将闵妃一派的官员李完用等6人带到美国公使馆隐匿，他甚至还让美国传教士们入宫守护高宗，高宗怕人下毒，也只吃安连夫人做的菜。安连介入朝鲜内政的做法引起了美国政府的反对，美国国务卿奥尔尼（Richard Oleny）在致美国驻韩公使施逸（John M. B. Sill）的公文中指出：“对于安连擅自致信韩国外部，我再次表示遗憾。因为虽然与该国缔结了修好关系，但作为严格坚持中立态度的国家的代表，只要在韩国居住的美国公民在暴动中没有受到生命和财产的损害，以任何方式干涉该国内政均非其责任。”其后，安连又介入了朝鲜的亲俄亲美派企图推翻亲日政权的“春生门事件”中。

除了上述支援“朝鲜独立”的活动以外，安连还积极谋求美国在朝鲜的利益。安连早就向朝鲜各界人士灌输这样的观点：甘于做清廷的属国对朝鲜来说没有任何出路，只有彻底断绝与中国的宗藩关系，大量引进美国的资金和技术，朝鲜才能够自主地开发资源和自由地开展贸易，最终才能够融入世界以求发展。1896年2月“俄馆播迁”以后，亲日政权垮台，安连趁机开始攫取朝鲜的经济利权，在安连的大力劝说下，朝鲜政府在1896年3月同意将京仁铁路的敷设权转让给美国人谟于时（James R. Morse），4月又将云山金矿的采掘权转让给美国。由于安连大力争取美国的利益，因此他颇得美国政府欣赏，于1897年8月2日正式被任命为美国驻朝公使。

1897年10月12日，朝鲜高宗李熙自称皇帝，改国号称“大韩帝国”，朝鲜从此改称韩国。由于安连在先前有过干涉朝鲜内政的先例，所以他在任公使不到4个月后，美国国务院发来训令称：“有理由相信，此时的朝鲜半岛是利益相关各方争夺的焦点。因此，保持绝对的中立，在言行上不管怎样都要做到不支持也不反对其中的任何一方，这无论对国务院还是你使馆人员，都是有益的。”警告安连在韩国问题上严守中立。安连也不得不向国务院报告说：“我必须要强调，我已经很小心地设法避开了所有涉及困难问题的韩国人。”当时大韩帝国高宗皇帝为了避免日俄对朝鲜的瓜分，寄希望于美国的援助，他请求安连为韩国争取美国的保护与支持，但安连向美国政府提及此事时，美国总统威廉·麦金莱却不置可否。由于美国如此淡漠于韩国事务，因此安连也不再关心韩国内政，转而继续为美国在朝鲜半岛的经济利益服务。在他的支持下，美国投资兴建了韩国首都汉城的有轨电车系统、街头照明系统和城市自来水设施，也参与了大韩帝国光武改革的全国土地测量事业。这些在本质上是美国对韩国的经济侵略。

但是，随着日本和俄国在朝鲜半岛的对立不断加剧，也不能不引起安连的注意，他尤其警惕日本，他在任驻韩公使期间反复提到：“日本变得越来越具有侵略性，他们似乎已将韩国视为自己可以为所欲为的地方，而将这里其他的人视为入侵者”，而安连对于西奥多·罗斯福上台后采取的亲日政策十分不满。他曾于1903年回到美国，企图劝说罗斯福总统在日俄争端中支持俄国而冷落日本，以维护韩国的独立。1903年9月29日，安连抵达华盛顿，次日便谒见了罗斯福，其间安连指责“总统在对待俄国的问题上犯了错误”，并强调日本对韩国的侵略，阐述了美国支持俄国后能得到的好处。罗斯福对此不以为然。由此，安连认为：美国已经或多或少地与英日同盟站在一边，这将使日本坚定其为争夺韩国不辞与俄国一战的决心。

果然不出安连所料，1904年2月日俄战争爆发，日本随即控制了韩国并强迫韩国签订一系列不平等条约。韩国高宗皇帝急于获得美国的援助，安连也向美国发出呼吁：“韩国极度依赖美国的友谊。皇帝满怀信心地希望，在日俄战争结束后美国政府能给他提供帮助，即为韩国保持尽可能多的独立”，但在美国逐渐倒向日本的过程中，他的呼吁所发挥的作用微乎其微。1905年3月，安连被美国政府以“八年已经超过了美国驻外使节任期的限制”为由解职并召还。为他在朝鲜半岛20余年的活动画上一个休止符。

霍勒斯·艾伦归国后，定居在美国俄亥俄州托莱多，以开办诊所为生。其后的艾伦主要是整理他在朝鲜的手记，出版了包括《韩国往事：传教和外交中的概要和轶闻汇总》（Things Korean: A Collection of Sketches and Anecdotes, Missionary and Diplomatic）等书籍，成为研究朝鲜近代史的重要史料。1912年，曾经是朝鲜“太上皇”的袁世凯成为中华民国大总统，艾伦又于同年7月在《北美评论》上发表了一篇名为《结识袁世凯》的文章，回顾他在朝鲜的经历。1932年12月11日，艾伦在托莱多去世。