正德八年（1513年），升为户部尚书。王琼颇有计算之才，善于查对。他在为郎官时就把过去的文牍、规则抄了下来，全面掌握了户部钱财收支、亏盈的情况。等做了尚书，更加熟悉了国家的财政计算。边境有将领来请拨发粮草，他屈指计算一下某仓库、某草场有多少粮草，各郡每年运送多少，边防士卒每年秋收粮草多少，就说：“这些已经够了。再伸手要就是弄虚作假。”由此众人更认为王琼有才干。

正德十年（1515年），王琼接替陆完任兵部尚书。当时各地盗贼四起，官兵的将士都以斩杀敌人的头颅数论功升官。王琼上书：“这是像嬴秦一样的败国政策！在边境上实行还可以，没有内地作战而以头颅数论功的！现在江西、四川的官兵乱杀平民百姓成千上万人，纵容了盗贼，留下了祸患，都是这条规定造成的。从现在起官兵在内地讨伐盗贼，只以扫荡、平息论功，不再计算斩获头颅数目。”武宗同意。

武宗到边塞以外远游，长年不回，京郊的盗贼正悄悄兴起。王琼请在河间设置一名总兵，在大名、武定各设一名兵备副使，责令他们平息当地盗贼，又传令顺天、保定的两个巡抚，严守要害地段防止外敌侵入。征集辽东、延绥兵马到武宗行宫附近地区，用以保护皇上。朝廷内外倚仗着这些才不担惊受怕。孝丰的盗贼汤麻九起来造反，有关部门请派军队过去收捕。王琼请密令勘粮都御史许廷光出其不意地擒拿他们，结果成功了，盗贼没一个漏网。各地奏上捷报后，大多归功于王琼的谋划，他因此几次受到赏赐、封荫，逐渐做到了少师兼太子太师，儿子也被封为世袭锦衣千户。等到修建乾清宫完毕，又荫封他两个儿子为锦衣千户，他受到的宠爱在几个尚书中首屈一指。

正德十四年（1519年），宁王朱宸濠叛乱，王琼请武宗令南和伯方寿祥率领操江部队防守南京，南赣巡抚王守仁、湖广巡抚秦金各自率领自己的部队开往南昌，应天巡抚李充嗣镇守京口，淮扬巡抚丛兰扼守仪真。他的奏章递上后，武宗心里想要御驾亲征，君臣争议了三天还决定不了。大学士杨廷和催促武宗早作决定，武宗最后还是下诏亲征，让王琼与杨廷和等人在北京坐镇。

在此之前，王琼既对朱宸濠所为早有察觉，他在正德十一年（1516年），就特举王守仁出任南赣巡抚，以兵部请旨，准王守仁“便宜提督军务”，并放权让他见机行事，提督军务。等朱宸濠造起反来，地方上报朝廷知道后，满朝大臣心里惴惴不安。王琼说：“大家不用担心，我任用王伯安（王守仁）到赣州去，正是为了现在这件事，反贼马上就会拿下的。”

王琼很有才能，并善于结交权贵。他恭敬地侍奉钱宁、江彬等人，由此得到施展才干的机会，他递上去给皇上的建议、请求一经提出就能得到批准，他能在兵部多次立功，也是借了江彬等人的力量。陆完倒台后，他取代陆完做了吏部尚书。王琼忌妒彭泽平定流贼，名望超过了自己，就勾结钱宁，用重罪中伤彭泽。又把云南巡抚范镛、甘肃巡抚李昆、副使陈九畴诬陷下狱，一时间朝廷内外官员大多害怕王琼。而杨廷和也因为王琼所行赏罚大多得到武宗发自内宫的批复诏书，不经过内阁，所以无能为力。

嘉靖元年（1521年），明世宗继位，谏官前后不停地揭发王琼，他被关进了都察院的监狱。王琼于是竭力攻击杨廷和，世宗这下更认为他不正直，就交由大臣们议论，结果以触犯结交皇上左右侍卫的律令应判处死刑，改为让他充军庄浪。王琼又上诉说自己年老，因而被改派到绥德充军。

张璁、桂萼、霍韬掌权后，因为王琼与杨廷和有仇，就推荐了他，然而明世宗并没有听从他们。到嘉靖六年（1527年）边境上有战事，桂萼等人坚决请求任用王琼，没有成功。但世宗也怜悯王琼年迈多病，就让他返回家乡做个平民。御史胡松因为弹劾桂萼被贬官外放，他的同僚周在请求饶恕胡松，也被关进了诏狱。桂萼又一次说到王琼以前批评过杨廷和，所以满朝大臣一齐起来排斥他。世宗于是命令让王琼官复尚书，等候任用。

嘉靖七年（1528年），朝廷因西北边事紧急，由阁臣桂萼等推荐，诏令王琼“以兵部尚书兼右都御史提督三边军务”。当时，土鲁番占领了哈密，朝廷决定关闭关门并拒绝它的进贡已经有四年的时间。而吐鲁番的将领牙木兰因为受到速檀满速儿的猜疑，率领二千人来请求内附。沙州番人帖木哥、土巴等，一向受土鲁番奴役，也率领五千多人人关来内附。土鲁番人来侵犯，接连被参将云昌等打败。他们引诱瓦剌侵犯肃州，游击彭溶将其击退。土鲁番失去了援助，又在几次战争中失利，于是归还哈密，请求上贡，并请归还被扣押在明朝的使臣，只是话说得很不礼貌。王琼上书请求对他们予以安抚、结交，世宗采纳兵部尚书王时中的意见，像王琼奏请的那样做了处置。霍韬对此提出责难，王琼又上书请求遣还土鲁番的使臣，像以前那样允许他们来上贡。从此西域又平定下来，只是北方的鞑靼常常来骚扰边疆。鞑靼首次进攻侵犯庄浪，王琼部下的将领阻击他们，斩首数十级。不久又由红城子进攻，杀害了部饷主簿张文明。嘉靖八年（1529年）鞑靼部落又用数万骑兵来犯宁夏，过后又侵犯灵州，王琼派游击梁震等拦截，斩敌七十多人。嘉靖八年（1529年）秋，王琼征召各路精兵三万人，在塞下巡行。敌人听说了，卷起帐篷远逃而去。明朝官兵于是分路进攻，放火在原野上焚烧，显示了军威，然后收兵而回。

在这之前，南京给事中丘九仞弹劾王琼，世宗却加以慰留。等张璁、桂萼被罢免后，那些弹劾张璁、桂萼等人的大臣都出面攻击王琼，世宗于是命令王琼致仕。不久，又把先前的诏书搁下来，派人对王琼表示慰问。正好番人前来临洮大肆掳掠，王琼征调兵力讨伐若笼、板尔各部，焚烧了他们的巢穴，斩杀了三百六十人，收附了七十多个部族。评定战功，被加封为太子太保。王琼在边疆上，战备都整顿得很好。鞑靼曾经打到山西，占了便宜，过了一年又来边境上抢劫，假装着要向东打，王琼命令在西边做好战斗准备。贼寇果然钻了进来，官兵沉重地打击了它。各处番人被扫荡、平息后。西部边陲更加太平了。甘肃军民一向受吐鲁番人侵犯、欺凌，如今惟恐王琼离开，就一起请求当地守臣向朝廷上书，留下王琼别走。于是巡抚唐泽、巡按胡明善都上书叙述他的功劳，请听从甘肃军民的请求。世宗为此颁诏奖励王琼。

当初，世宗厌恶杨廷和，怀疑朝中大臣都是他的同党，所以接连任用桂萼、方献夫主管吏部。等方献夫离任后，世宗不想任用另外的人，所以久久不增补这个缺额。到嘉靖十年（1531年）冬季，才派行人拿着敕书前往召王琼回朝任吏部尚书。然而南京御史马敭等十人上书痛骂王琼是先帝一朝遗留的大奸臣，使世宗大为恼怒，把马敭等人全都关进了诏狱中，并且对王琼表示安慰。不过不久，马敭等也都官复原职了。花马池传来战报，兵部尚书王宪请派出部队。王琼说花马池战备严整，敌人无法攻入，朝廷大军抵达，敌军早已撤走，这样做只能白白耗费朝廷的人力、财力。王宪最终还是派出六千人援救，走到彰德时，敌人果然已先撤军。

嘉靖十一年（1532年）七月，王琼在任上去世。获赠为太师，谥号“恭襄”。

王琼一生为官，勇于任事，敏练果决，居官所至有声。其功绩主要可分为“理财精练”“平宸濠之乱”“抚定西北边疆”三个部分。

（一）理财精练

王琼善于理财主要表现为以下三个方面：

（二）运筹平定宸濠之乱

王琼在宸濠之乱爆发的紧急关头，处置果决，发挥了突出作用。宁王朱宸濠是明太祖朱元璋第十七子宁王朱权的后裔。正德年间，他见武宗整日游嬉，朝政荒废，认为有机可趁，便贿赂朝臣、幸臣，蓄养亡命、窝藏盗贼等，图谋夺取皇位。当这些事迹败露后，朱宸濠于正德十四年（1519年）六月十四日叛乱，诱杀江西巡抚孙燧等，集兵号称十万，亲自统领水师，沿江而下，进攻安庆。早在叛乱未发前，主掌兵部的王琼已经预料到了朱宸濠的反计。他举荐王守仁提督南赣汀漳等处军务，又申明军纪，督责地方抚臣勤修武备，以备不时之需。到宁王叛乱消息传到北京后，举朝震惧。王琼从直房中顷刻拟出十三疏，对平乱作了严密布署，如请下诏削除宁藩属籍，“正贼（指宁王）名”；命南和伯方寿祥督操江兵防南京；命南赣巡抚王守仁、湖广巡抚秦金各率所部趋南昌；应天巡抚李充嗣据守镇江；许庭光镇浙；淮扬巡抚丛兰扼守仪真。最后，在王琼协助谋划下，王守仁成功擒获朱宸濠，仅用四十三天便平息了叛乱。

（三）抚定西北边疆

王琼在总制三边期间，较好地处理了与西北边疆少数民族的关系。

构筑西北边防体系

嘉靖七年（1528年），七十岁的王琼被起复为总制陕西边务。他赴任后巡视险要，考验古今，提出了一些行之有效的防边之策。王琼主张“御戎之道，以守备为本，不以攻占为先”。他针对宁夏、延绥等地边镇士马各守其地，势不相及，致鞑靼诸部往往乘虚而入，难以合兵抵御的问题，提出了将各镇士马在鞑靼诸部可以进入的地区分布，用“摆边”法，以拒其入。所谓“摆边”即王琼操练的“摆墙拒战法”。经过调查，他了解到鞑靼诸部平时在河套地方四散畜牧，每次大举南下，必须约定日期聚集而后进，夜宿火光，连亘数十里。明军预先侦察得知后，可先到边墙进行准备。另外，鞑靼部临墙边修整，一定择取有水泉处安营饮马，而边墙水泉主要集中在花马池、兴武营、定边营墙外，所以鞑靼诸部南下，必定由花马池等地平坦道路，有水草处，结营而入。通过统计历年鞑靼南下地区，王琼发现自弘治十四年（1501年）以来，其军无不自花马池边入。于是他将重兵安置花在马池一带，并严明军纪，以边墙作为明军的屏障，教演墙下战敌之法。鞑靼部见明军有备，未敢由此南下，改趋灵州。灵州守将遵照王琼军令: “以拒贼出境，保障居人为上策，不以多斩首级为奇功”，用火器、大炮、弓箭等，将鞑靼部击退。王琼又率军从花马池出兵袭击，迫使“贼（鞑靼）遂起营北遁… …自是二百里之外无贼踪”。此后，王琼命明军东自定边营，西至横城堡，东西三百余里，一齐出境。鞑靼各部见状，纷纷“移营往黄河南岸”。

王琼认为，要稳定边境，在“摆边”法外，还需修筑合适的防御工事。他提出在守边地区挑沟挖堑法，即按照地理形势设险修筑工事守边。具体办法是：从定边营南口起往西北至宁夏横城旧墙止，开堑210里，筑墙18里；宁夏城平虏所五岔渠起，西至贺兰山枣儿沟开堑34里，都临边设险，取名为“防胡大堑”。南自黄河大坝起，西北至贺兰山嘴墩止，开堑铲崖84里，以断鞑靼部自河西入夏州之路。自环县西北响石沟起，西至靖虏卫花儿岔止，636里铲崖砌垒，临河设险。此法不仅设险守边，而且能节省劳费，具有良好的防御功能。 自此鞑靼部难以从西北地方长驱直入，实现了王琼北拒鞑靼的计划，内地人民得以安堵息肩。

处置哈密危机

明代成化、弘治以来，西北的吐鲁番汗国日益强盛，数度侵占明朝“关西七卫”中位于最西陲的哈密卫，驱逐哈密忠顺王。明廷未能长期援助哈密，虽曾派兵干涉却不能久驻，对吐鲁番的侵略束手无策。哈密问题成为了明中期困扰朝廷的难题。王琼出任三边总制后，秉持“抚拒适当”的方针，提出了以守为主、趁隙整军和开关通贡的建议。他指出：“哈密地界群虎之中，今若大发兵粮，远冒险阻，强驱垂亡之部落，复还久失之封疆，是送羊入虎耳。掣兵而归，则彼难独立；留兵以守，则我难久劳。皆必危之道，非自然之策也。窃谓莫危于战，莫安于守。忠顺王之绍封，势宜加慎；土鲁番之求贡，理可俯容。”并认为只有当明朝武备整修之后才能“兴哈密，襟喉西域，拱卫中华，将无不可矣。若今日则非其时也。”王琼此议，一方面要求彻底放弃闭关绝贡之法，改善与吐鲁番的关系，使西北的甘肃镇有一个较为稳定的外部环境，并趁机整顿军队，提高战斗力；另一方面可以减轻来自朝中主张兴复哈密派的压力，避免“弃祖宗疆场之言”的攻击，以得到更多人的支持。

王琼的主张，得到了明世宗与阁臣张璁等人的全力支持，最终吐鲁番“率十国奉约入贡；北捍俺答，经岁无烽警”，哈密危机得到解决。终明之世，西北地区相对稳定，西域贡使络绎不绝。

王守仁（明代思想家、军事家）：“守仁每诵明公之论奏，见其洞察之名，刚果之断，妙应无方之知，灿然剖析之有条，而正大光明之学，凛然理文之莫犯，未尝不拱手起诵，敬仰叹服。”

徐阶（明代中期名臣）等：“琼倜傥多大略，居官所至有声，遇事敢为，应机立断，初若不经思，然所指挥即的然可，经久不易。当正德末年，天下多故，琼典本兵，四方诸所戡定，多其调度方略。逆濠之变，慷慨陈计，中外恃以无恐。比起徒中，视西师，抚定羌夷，申固封守，西陲允赖。然其为人多端任数，御物往往陷于倾（一作‘轻’）巧，士亦以此少之。”

王崇古（明代重臣）：“历查先年因全陕多事，先皇轸念重地，博采廷议，起尚书杨某、王某，先后为总督，付之便宜之权，言听计行。凡所议请，必敕所司如议给发，无或中阻，故二臣得宣力疆场，多所建设，至今尚藉余烈。”

张居正（明代政治家）：“西凉重地，番虏杂居，措画稍差，便成乖阻。往嘉靖初年，赖建庵（应为“邃庵”， 指杨一清）、晋溪（王琼）二大老经略数年而后定。”

王世贞：

李贽（明代思想家）：“夫满朝皆受宸濠贿赂，独晋溪与梁储亡有也。杨廷和为首相，受宸濠贿，擅与护卫……呜呼！不贪宸濠之贿，而交于王守仁，使居上流擒濠。明知守仁不以一钱与人，不与一面相识，而故委心用之，何也？少具眼力者，自当了了。”

李中馥（天启年间举人）：“伎俩精于逢迎者，名利所由迫；心术工于阱陷者，事业何由隆？公名利之情最淡，事业之着无穷。何以逢迎于上，谋陷于下者乎？”

黄道周（明代名臣、学者）：“王琼大才，高坐堂上。盗贼纷攻，汹汹荡荡。调将遣兵，无一不当。敌寇山西，骄矜无状。奏集镇兵，伏击败丧。报反宁王．中外惊怅。琼曰无伤，久已有将。上游下攻，此时已创。亡何捷闻，方知非妄。但惜正人，往往遣谤。削职复官，有如风浪。”

张岱（明末清初史学家、文学家）：“一清任边重寄三，皆有声，不为相，当无訾矣。琼有才而贪奸，治世能臣也。或问二子孰优，曰：其计也而墙、堑等之，便则可知矣。又曰：杨一清、王琼，一时才望相等，局外旁观，每得先着。一用张永以诛逆瑾，一用王守仁以平宸濠，从容数语，不动声色，大逆之去如振落然。其功之在天下，万世不可泯也，乃议者指其纤玷以弃其全瑜！大黄、硭硝，皆有大毒，亦顾其成功何如耳，其可轻弃也哉！”

林时对（明末遗民）：“哈密远隔西域，切近土鲁番，以金印封忠顺王，令通贡道，瓦剌侵暴，势孤援绝，鞭长不及，频年西讨，赋车藉马，甘凉绎骚，则许进、彭泽、王琼处置之失也。”

查继佐（明末清初史学家、文学家）：“恭襄指顾了濠，不动声色，致天子欲以献俘为玩，知当时镇定之功于社稷最大。使责以必怼群小，琼一束手，天下事尚忍言哉？恭襄大率修杨文襄之政，物论与彭泽并称儒臣知兵。顾论哈密事与泽相左。虽然，泽也不卒。”

毛奇龄（清初经学家、文学家）：“恭襄虽阴谲，然能识文成而独任之。”

张廷玉（清代政治家）等《明史》：

张正明：“综观王琼一生，他是位很有心计、很有才干、勇于任事，敏练果决，所至局面大开，政绩显著的历史人物。他治河、理财从利民利国着想，很有成绩。他运筹平定宁王宸濠之乱，顺应了历史潮流，使人民免遭战乱之祸。他北御西和边陲，使当地人民得以安居生产生活。明代党争严重，政局混乱，王琼能在政敌处处作梗，甚至被诬陷的状况下有所作为，是很不容易的。……当然，王琼也有不少缺陷。例如他对武宗皇帝的荒诞行径，未见谏疏之举，……总之，王琼可谓明中期一位倜傥多大略发挥过重要作用的治世重臣。”

王琼的著作有《晋溪本兵敷奏》《西番事迹》《北边事迹》《晋溪奏议》《漕河图志》《掾曹名臣录》等。其中《漕河图志》保留了早期京杭运河珍贵的史料。

王琼去世后，长子王朝立扶灵柩回籍，葬于蒙山脚下，后称王家坟。

明建王琼祠在晋溪园，位于晋溪书院西，前临鸿雁南河，后倚悬瓮山麓，右邻难老泉，左有鸳鸯水亭。祠前有古银杏树两株，雌雄同植，树干有十围，树高20米以上，柯枝繁茂，形同华盖。金秋季节，满身黄袍袈裟，累累银杏有如金果，传说此银杏树为王琼手植，距今最少有 500年光景。王琼祠自明嘉靖以来，历经修葺。至今祠内仍有王琼塑像，两边往上挂着王琼十四世孙王惠的一副木刻楹联，上联是：“举朝汹汹，谁知讨擒宸濠，此事已付王新建”（王守仁）。下联是：“公论啧啧，试看总督甘陕，厥功何如杨应宁（杨一清字）”。全联概括了王琼一生的主要功绩。

2023年电影《明臣王琼》：成泰燊饰演王琼。

《渭厓文集·王公神道碑铭》（亦见于《国朝献徵录》）

《明实录》成化、弘治、正德、嘉靖朝部分

《对山集·大明嘉靖平虏之碑》

《续藏书·卷十七·经济名臣》

《罪惟录·列传卷之十一上·经济诸臣列传上》

《明史·卷一百九十八·列传第八十六》

《太原县志·公署·坊表附》